求助在gromacs模拟的过程中要限制某几组原子之间的距离

fwan1006

我想在蛋白质-配体动力学模拟的过程中将配体和蛋白质之间的某组原子之间的距离限制在0.35nm之内
这个前面i，j的参数是原子的序号吗，那对于蛋白质和配体不同分子上的原子我应该具体怎么设置呢？
在top文件里有受体的原子序号，两个配体各自在自己的itp文件里有自己的原子序号，这样我要怎么写这个i，j呢？它们是不是在哪有统一的序号呢？

Newbee_Ccc

wuzhiyi 发表于 2020-9-19 17:49
bond 是distance_restraints的特殊情况
bA 距离 kA 强度 后面两个是fep的

您好！我参考了您那建议在top文件中加了这个命令，

[ intermolecular_interactions]
[ bonds ]
; ai     aj    type   bA      kA     bB      kB
4562  4576   6      2.536   1000.0
4514  4575   6      4.210   1000.0
随后又在mdp文件中加入了如下命令，
disre                    = Simple
; Force weighting of pairs in one distance restraint: Conservative or Equal

disre-weighting          = Conservative
; Use sqrt of the time averaged times the instantaneous violation
disre-mixed               = no
disre-fc                     = 500
disre-tau                   = 0
; Output frequency for pair distances to energy file
nstdisreout               = 100
但是当我做了短时间模拟后发现，并未限制住两个原子间的距离，能否麻烦您帮忙看看，可能是哪里出了问题呢？

Newbee_Ccc

琦锅锅 发表于 2020-9-29 16:32
好的，非常感谢

楼主，请问现在是否解决了？我也按照这个方式，加上了限制但是MD的时候发现还是跑飞了

喵星大佬

Jeffrey0521 发表于 2024-1-19 15:45
我想限制形成氢键的两个原子之间的距离也是这样设置吗？我在mdp里写入了力常数的，所以才问是写入的disre ...

那个功能就不是用来做这个的，直接在[ bonds ]里面加就好

Jeffrey0521

喵星大佬 发表于 2024-1-19 03:45
普通情况不要用[ distance_restrains ]去设置距离限制，直接用[ bonds ]里面函数类型6或者10去做谐振/分 ...

我想限制形成氢键的两个原子之间的距离也是这样设置吗？我在mdp里写入了力常数的，所以才问是写入的disre还是dihre

喵星大佬

Jeffrey0521 发表于 2024-1-18 15:02
新手求问，到底是disre还是dihre啊，我看手册都写的disre但是sob老师写的dihre。http://sobereva.com/10

普通情况不要用[ distance_restrains ]去设置距离限制，直接用[ bonds ]里面函数类型6或者10去做谐振/分段的距离限制势。[ distance_restrains ]里面的距离限制是用来精修NMR解的结构用的，距离限制用的是时间平均的形式满足NOE信号的距离-6次方的期望，力常数也要在mdp里专门设置，不是正常理解的那种距离限制的形式

至于本文楼主说的那个目的，应该用pull去实现

Jeffrey0521

新手求问，到底是disre还是dihre啊，我看手册都写的disre但是sob老师写的dihre。http://sobereva.com/10

琦锅锅

wuzhiyi 发表于 2020-9-19 17:49
bond 是distance_restraints的特殊情况
bA 距离 kA 强度 后面两个是fep的

好的，非常感谢

琦锅锅

wuzhiyi 发表于 2020-9-19 17:49
bond 是distance_restraints的特殊情况
bA 距离 kA 强度 后面两个是fep的

嗯嗯，好的，谢谢

wuzhiyi

琦锅锅 发表于 2020-9-18 09:11
这种与【distance_restraints】效果是一样的么？ 请问bA      kA     bB      kB一般是填写什么信息

bond 是distance_restraints的特殊情况
bA 距离 kA 强度 后面两个是fep的

琦锅锅

wuzhiyi 发表于 2020-9-17 05:17
这样啊
[ system ]
; Name

这种与【distance_restraints】效果是一样的么？ 请问bA      kA     bB      kB一般是填写什么信息

wuzhiyi

琦锅锅 发表于 2020-9-15 21:31
这是我的top文件，我不晓得应该如何进行限制，格式上书写不是很明白，希望你看到后，可以解答一下，非常 ...

这样啊
[ system ]
; Name
Protein in water

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_chain_A     1
Ion_chain_A2        1
targetx             1
SOL             11990
SOL             11990

[ intermolecular_interactions]
[ bonds ]
; ai     aj    type   bA      kA     bB      kB
2584  2088   6      2.536   1000.0
2584和2088换成gro文件里的id

琦锅锅

wuzhiyi 发表于 2020-7-26 21:58
写在这个后面
[ molecules ]
O              2

这是我的top文件，我不晓得应该如何进行限制，格式上书写不是很明白，希望你看到后，可以解答一下，非常感谢

琦锅锅

wuzhiyi 发表于 2020-7-26 21:58
写在这个后面
[ molecules ]
O              2

请问一下带有金属离子的蛋白可以用这样的方法进行限制，防止它MD时跑飞么？

wuzhiyi

写在这个后面
[ molecules ]
O              2
SOL    1302        

[ intermolecular_interactions]
[ bonds ]
; ai     aj    type   bA      kA     bB      kB
2584  2088   6      2.536   1000.0
这样