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[GROMACS] 求助:gmx的top文件中原子名问题

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本帖最后由 tjuptz 于 2020-2-3 15:41 编辑

对于分子体系的模拟,分子内的原子名可以重复吗?我试验.gro和.itp中分子内原子重名是没问题的,itp是CGenFF产生的。而且结构文件里的原子顺序必须与itp里的顺序一致,但原子名可以不一致,忽略报警即可。但对于使用pdb2gmx,pdb中的原子顺序可以不一致,但原子名必须一致,所以rtp里一个残基内原子名不能重复,对吗?

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发表于 Post on 2021-6-1 15:29:35 | 只看该作者 Only view this author
哪有这么脆弱 发表于 2021-5-28 23:52
请问pdb文件中的原子名和rtp文件中的原子名可以不一样吗(原子顺序一样的前提下)

程序就是根据原子名来匹配的,不看顺序,当然原子名必须对应
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-29 12:11:34 | 只看该作者 Only view this author
哪有这么脆弱 发表于 2021-5-28 23:52
请问pdb文件中的原子名和rtp文件中的原子名可以不一样吗(原子顺序一样的前提下)

不行

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发表于 Post on 2021-5-28 23:52:01 | 只看该作者 Only view this author
请问pdb文件中的原子名和rtp文件中的原子名可以不一样吗(原子顺序一样的前提下)

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发表于 Post on 2019-12-8 18:54:53 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2019-12-5 22:08
请教老师,pdb2gmx可以根据rtp的bond关系自动生成angle proper 项,这个挺容易理解,就根据共用bond、公 ...

improper需要在rtp里人为指定
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-7 20:40:44 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-12-6 21:14
我记得最初的时候,我看的一个教学视频里提到了 我记得当时不是拿蛋白质举例的,就是定义异常二面角,也 ...

我看了top自带的几大力场,improper项都是在rtp里定义好的,angle和proper项可以省略。

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发表于 Post on 2019-12-6 21:14:07 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2019-12-6 21:02
那个是定义诸蛋白质二硫键的

我记得最初的时候,我看的一个教学视频里提到了 我记得当时不是拿蛋白质举例的,就是定义异常二面角,也不敢瞎说,还是等sob老师的正解把
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-6 21:02:11 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-12-6 20:10
我只知道个大概,我也没遇到过需要改的异常二面角,但是我之前了解的 是在 share/top/下面 有个specbond. ...

那个是定义诸蛋白质二硫键的

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发表于 Post on 2019-12-6 20:10:11 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2019-12-6 18:09
就是自己在rtp里定义好吗?

我只知道个大概,我也没遇到过需要改的异常二面角,但是我之前了解的 是在 share/top/下面 有个specbond.dat 文件,你进去看看了解一下,只能给你提供一个思路记住在share下的top目录里了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-6 18:09:03 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-12-6 08:26
我记得不正常二面角是要通过特殊键你定义进去

就是自己在rtp里定义好吗?

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发表于 Post on 2019-12-6 08:26:19 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2019-12-5 22:08
请教老师,pdb2gmx可以根据rtp的bond关系自动生成angle proper 项,这个挺容易理解,就根据共用bond、公 ...

我记得不正常二面角是要通过特殊键你定义进去
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-5 22:08:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-17 13:51
是的,不能重复,否则就没法顺利按照rtp根据原子名进行匹配,就乱套了

请教老师,pdb2gmx可以根据rtp的bond关系自动生成angle proper 项,这个挺容易理解,就根据共用bond、公用angle就可以,那自动生成improper项是根据计算二面角为180度还是内部定义了一些片段比如苯环等来判定的呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-17 17:22:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 tjuptz 于 2019-12-1 18:35 编辑

还是建议原子名不重复并保持gro与itp的一致,有的时候比如离子,如果原子名不一致会自动采用力场中自带的原子名、残基名,这在离子晶体表面模拟中会造成麻烦。
注:发现就算把离子名改成力场自带的名称,但跑完md后程序还是会把残基名改掉,因为ions.itp里定义了离子的残基名。所以建议用group定义组或者重新定义一个离子的moleculetype。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-17 15:59:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-17 13:51
是的,不能重复,否则就没法顺利按照rtp根据原子名进行匹配,就乱套了

谢谢老师

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发表于 Post on 2019-11-17 13:51:39 | 只看该作者 Only view this author
是的,不能重复,否则就没法顺利按照rtp根据原子名进行匹配,就乱套了
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