计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 26969|回复 Reply: 17
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 请问从何种角度来分析配位键的成因

[复制链接 Copy URL]

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
sob老师您好,我在计算中遇到一个问题:
配位中心(金属)与O和N原子优化后的距离在2.2-2.5A之间,也就是有络合作用,然而和S、As、Cl都超过了3A,也就是没有配位键。
请问如何来分析其原因?(最好全面一些,数据量可以丰富些)
谢谢

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112542

管理员

公社社长

18#
发表于 Post on 2015-8-19 12:04:13 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2015-8-19 10:12
谢谢sob老师
您写的关于利用BCP点处拉普拉斯值得正负来评价开壳层/闭壳层电对作用的文章我看了,受益匪 ...

附件中的图是变形电子密度图,此文有例子
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
手册4.4.7节也有例子。

能反映电子密度局部凝聚和发散的是电子密度拉普拉斯函数图,手册4.4.3节有例子。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

17#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-8-19 10:12:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-31 18:05
密度根本不是一个对成键电子结构“敏感”的量,而且光靠BCP这一个点来判断往往很不合适。
诸如典型离子 ...

谢谢sob老师
您写的关于利用BCP点处拉普拉斯值得正负来评价开壳层/闭壳层电对作用的文章我看了,受益匪浅。
您在文章的结尾处提到“可以通过作图直观地通过电子凝聚方式判断相互作用类型”,如图所示。
请问这种图应该如何得到呢?


1.JPG (34.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 55)

1.JPG

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112542

管理员

公社社长

16#
发表于 Post on 2015-8-19 00:19:31 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2015-8-18 23:55
谢谢sob老师,刚才拜读了您关于BCP判断成键的文章,很受益。
请问如何计算这个AIM处电子密度拉普拉斯曲 ...

Multiwfn手册4.4节有很多例子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

15#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-8-18 23:55:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-31 18:05
密度根本不是一个对成键电子结构“敏感”的量,而且光靠BCP这一个点来判断往往很不合适。
诸如典型离子 ...

谢谢sob老师,刚才拜读了您关于BCP判断成键的文章,很受益。
请问如何计算这个AIM处电子密度拉普拉斯曲线?关键词是什么?如何得到那个一圈一圈的图?
谢谢老师

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-8-18 23:34:50 | 只看该作者 Only view this author
幻七熏 发表于 2015-7-31 08:36
用AIM应该能分析是否成键,看BCP处的电子密度就行。用NBO分析成键情况。

请问AIM和BCP的关键词是啥?
从结果中怎么才能看出来能否城建和电子密度呢?
谢谢

106

帖子

0

威望

3948

eV
积分
4054

Level 6 (一方通行)

13#
发表于 Post on 2015-7-31 21:30:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-31 18:05
密度根本不是一个对成键电子结构“敏感”的量,而且光靠BCP这一个点来判断往往很不合适。
诸如典型离子 ...

好的,多谢指导,仔细拜读一下!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112542

管理员

公社社长

12#
发表于 Post on 2015-7-31 18:06:50 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2015-7-31 12:03
谢谢老师
您说的bd是bond化学键吗?直接通过pop=nbo关键词就可以获得吗?谢谢

BD是NBO程序给出的NBO轨道当中的一类,用来描述成键项。但是极性大的往往就被当成超共轭了,而不会出现BD。
所以用BD要谨慎。很多人因为没出现BD就认为原子间没成键作用,完全是误区。

pop=NBO可以得出
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112542

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2015-7-31 18:05:06 | 只看该作者 Only view this author
幻七熏 发表于 2015-7-31 10:46
化学键处的BCP的电子密度会比弱相互作用的电子密度大一个数量级

密度根本不是一个对成键电子结构“敏感”的量,而且光靠BCP这一个点来判断往往很不合适。
诸如典型离子键的BCP密度甚至比强一点的氢键都小。

判断是否配位作用,你可以作动能密度图,参见
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-31 12:03:27 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-31 10:04
你是指BD型NBO的成份?
如果NBO搜索出了BD,并且占据数不很低,你可以姑且当做是有化学键,可以由此考察 ...

谢谢老师
您说的bd是bond化学键吗?直接通过pop=nbo关键词就可以获得吗?谢谢

106

帖子

0

威望

3948

eV
积分
4054

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2015-7-31 10:46:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-31 10:01
BCP的电子密度不横向对比,或者不对于特定类型键并事先专门有人提出数值范围判断标准的话,说明不了什 ...

化学键处的BCP的电子密度会比弱相互作用的电子密度大一个数量级

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112542

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2015-7-31 10:04:14 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2015-7-31 08:02
谢谢老师
可否用轨道成分参与的多少来定量的分析呢?
比如M(5d ?%, 4f ?%) S(3p ?%)

你是指BD型NBO的成份?
如果NBO搜索出了BD,并且占据数不很低,你可以姑且当做是有化学键,可以由此考察两个原子的轨道的参与方式。但注意决不代表没有BD的原子对儿就没有成键。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112542

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2015-7-31 10:01:26 | 只看该作者 Only view this author
幻七熏 发表于 2015-7-31 08:36
用AIM应该能分析是否成键,看BCP处的电子密度就行。用NBO分析成键情况。


BCP的电子密度不横向对比,或者不对于特定类型键并事先专门有人提出数值范围判断标准的话,说明不了什么问题。
而NBO的任意性过强,BD和超共轭形式的描述之间都缺乏有物理意义的过度。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

106

帖子

0

威望

3948

eV
积分
4054

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2015-7-31 08:36:02 | 只看该作者 Only view this author
用AIM应该能分析是否成键,看BCP处的电子密度就行。用NBO分析成键情况。

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-31 08:02:39 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-31 00:49
MO什么用也没有,NAO也用处不大
最简单的就是算下Mayer键级

谢谢老师
可否用轨道成分参与的多少来定量的分析呢?
比如M(5d ?%, 4f ?%) S(3p ?%)
这样可以吗

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 17:41 , Processed in 2.013947 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list