求助关于评估基团位阻效应时绘制基团surface时取交集的问题

Shaoqz

在评估分子内的两个片段之间的位阻的时候会做出片段的表面图来简单分析（下图是用pymol 简单show surface得到的，简单查了一下没查到pymol用的是哪种表面，如果有人了解 mesh和surface 分别是怎么得到的，也希望请教一下）

之后就想，如果能将这两个表面取交集就太好了。之前参加过一个叫moe的软件的人做的workshop，这个软件貌似可以做到这样的分析。但是当时给的试用license过期了。
于是想请教：能用别的软件实现这个需求吗？或者有moe这个软件的资源吗？

Shaoqz

sobereva 发表于 2019-11-24 20:16
1 默认的isovalue体现在.vmd里。VMD里手动改就在graphics - representation界面里调
2 看填色等值面颜色 ...

了解！ 非常感谢。

sobereva

Shaoqz 发表于 2019-11-24 11:59
谢谢解答！ 阅读了您链接中的文章，存在一些疑惑，希望进一步请教：
1.使用存储.cub文件与IGM_inter.vmd ...

1 默认的isovalue体现在.vmd里。VMD里手动改就在graphics - representation界面里调
2 看填色等值面颜色，下文有详细说明
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

IGM和NCI方法关系极为密切，建议把上面的NCI分析的博文也仔细看了，另有其它相关的：
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291（http://bbs.keinsci.com/thread-1206-1-1.html）
视频演示：使用Multiwfn做NCI分析展现分子内和分子间弱相互作用
https://www.bilibili.com/video/av71561024

Shaoqz

sobereva 发表于 2019-11-24 02:55
对于表现二者之间的相互作用，用Multiwfn做IGM分析非常方便，速度快，效果颇好，物理意义清楚，已被大量文 ...

谢谢解答！ 阅读了您链接中的文章，存在一些疑惑，希望进一步请教：
1.使用存储.cub文件与IGM_inter.vmd脚本的方法在vmd内作图是该如何调整isovalue呢？
2.如何区分吸引和排斥作用呢？

sobereva

对于表现二者之间的相互作用，用Multiwfn做IGM分析非常方便，速度快，效果颇好，物理意义清楚，已被大量文章使用，比取交集强得多。看
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407（http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html）

Multiwfn的Hirshfeld surface分析功能也可以被用于展现两个基团间的接触面。