如何从IRC输出文件中读出各个原子电子云或者分子的电荷分布的变化？

Kellyyyy

如题。

小白只会看IRC path 中 各个原子间距、角度等随着质权坐标的变化，而不知道能否看到分子的电荷分布或者某几个原子周围的电荷分布随质权坐标的变化情况。不知道IRC的输出文件中哪里能看见呢？


谢谢！

Kellyyyy

snljty 发表于 2019-12-10 23:18
输入文件最后空两行试试....

本来全部都空了两行啊

snljty

Kellyyyy 发表于 2019-12-10 23:17
Rotational constants (GHZ):      1.2902019      0.5685601      0.4466162
Standard basis: 6-311++ ...

输入文件最后空两行试试....

Kellyyyy

snljty 发表于 2019-12-10 18:19
我没说VMD能打开fch啊，不是说了先用Multiwfn生成轨道格点文件嘛。

好的，我尽快试一下。

Kellyyyy

snljty 发表于 2019-12-10 18:22
error完整信息是什么？

Rotational constants (GHZ):      1.2902019      0.5685601      0.4466162
Standard basis: 6-311++G(d,p) (5D, 7F)
There are   337 symmetry adapted cartesian basis functions of A   symmetry.
There are   327 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
   327 basis functions,   505 primitive gaussians,   337 cartesian basis functions
    49 alpha electrons       49 beta electrons
       nuclear repulsion energy       759.2927058887 Hartrees.
NAtoms=   23 NActive=   23 NUniq=   23 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=F Big=F
Integral buffers will be    262144 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=   327 RedAO= T EigKep=  1.60D-05  NBF=   327
NBsUse=   327 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU=   327
ExpMin= 3.60D-02 ExpMax= 9.34D+04 ExpMxC= 3.17D+03 IAcc=3 IRadAn=         5 AccDes= 0.00D+00
Harris functional with IExCor=  402 and IRadAn=       5 diagonalized for initial guess.
HarFok:  IExCor=  402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         5 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT=  3500011 ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=           0
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         wScrn=  0.000000 ICntrl=     500 IOpCl=  0 I1Cent=   200000004 NGrid=           0
         NMat0=    1 NMatS0=      1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
Petite list used in FoFCou.
Initial guess <Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.0000 <S**2>= 0.0000 S= 0.0000
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -1199.97032848     A.U. after   18 cycles
            NFock= 18  Conv=0.42D-08     -V/T= 2.0023
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.0000 <S**2>= 0.0000 S= 0.0000
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     0.0000,   after     0.0000

然后是 Population analysis using the SCF density.

最后显示：
Input section not terminated by blank line.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l9999.exe

（这是算的IRC过程中每个态对应的能量及轨道分布）

你看看这是什么问题呢？IRC整个跑出来是没问题的。

snljty

Kellyyyy 发表于 2019-12-10 15:44
嗯嗯，在同一篇博文里找到了。谢谢！
就是算出来的结果出现error:
out文件中显示：

error完整信息是什么？

snljty

Kellyyyy 发表于 2019-12-10 15:53
还有就是VMD依然打不开fch文件呀。

我没说VMD能打开fch啊，不是说了先用Multiwfn生成轨道格点文件嘛。

Kellyyyy

snljty 发表于 2019-12-10 11:22
卢老师的博文都有，我忘了是哪篇了。
Win10为例，双击计算机，右键单击属性，点高级系统设置，环境变量 ...

还有就是VMD依然打不开fch文件呀。



这又是什么原因呢

Kellyyyy

snljty 发表于 2019-12-10 11:22
卢老师的博文都有，我忘了是哪篇了。
Win10为例，双击计算机，右键单击属性，点高级系统设置，环境变量 ...

嗯嗯，在同一篇博文里找到了。谢谢！
就是算出来的结果出现error:
out文件中显示：
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     0.0000,   after     0.0000

这是怎么回事呢？

snljty

Kellyyyy 发表于 2019-12-10 10:10
哦哦，原来必须得是fchk啊。
我参照sob老师的http://sobereva.com/199 博文 在自己电脑上生成的只有chk和o ...

卢老师的博文都有，我忘了是哪篇了。
Win10为例，双击计算机，右键单击属性，点高级系统设置，环境变量，在上面的或者下面的任何一个PATH(下面就行)里面点编辑，新建一个路径，输入g09.exe所在的目录(不包括g09.exe)，然后再新建一个叫GAUSS_EXEDIR的变量，也写上刚才的路径。做完了后就可以命令行调用formchk.exe了。g16类似。Linux下原理一样，只要你安装没问题上面的应该是已经配置好的。
在想要处理的目录，打开一个命令行窗口，写

1. for /r . %i in (*.chk) do formchk %i %~ni.fch

复制代码

回车就行了。或者把上面命令存成文本，改名叫.bat，双击批处理。好像批处理要把%换成%%。

Kellyyyy

snljty 发表于 2019-12-9 13:39
首先说一句，路径反斜线\会被转义，应该写两个\代表\。
VMD当然不能直接读Gaussian私有的二进制文件。想 ...

因为感觉一个一个转实在是太麻烦了

Kellyyyy

哦哦，原来必须得是fchk啊。
我参照sob老师的http://sobereva.com/199 博文 在自己电脑上生成的只有chk和out文档（大约有两百多个），请问如何用自带的windows系统上的高斯软件（高斯09 D01）把得到的所有chk文件打包式地转化为fchk文件啊？指令需要怎么输入呢还是说有别的插件？

麻烦解答一下，谢谢！

snljty

Kellyyyy 发表于 2019-12-9 11:56
哦哦，谢谢。
就是算出来的结果出现error:
Annihilation of the first spin contaminant:

首先说一句，路径反斜线\会被转义，应该写两个\代表\。
VMD当然不能直接读Gaussian私有的二进制文件。想用vmd看轨道用formchk把chk转成fch(k)文件，用Multiwfn主功能200自功能3导出想看轨道的格点文件cub，用VMD载入或者直接用Multiwfn附带文件里的showorb.vmd或者showcub.vmd脚本加载。

Kellyyyy

哦哦，谢谢。
就是算出来的结果出现error:
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     0.0000,   after     0.0000

这是怎么回事呢？

另外输出的文件可以直接用VMD打开吗？
为什出现这样的情况呢？

sobereva

Kellyyyy 发表于 2019-12-4 08:30
解决了，就是把GAUSS输入成了GAUSSIAN了。。。

谢谢提醒！

如果输入文件里没写用的核数，默认用单核，除非你把含有-P-的Default.Rou文件放到当前目录，这样才会在计算过程中被读取