集群批量计算任务结果出错

zhujianhao

看了sob老师写的使用Gaussian时的几个实用脚本和命令的帖子 http://sobereva.com/258。按照老师的脚本，在集群里运行时显示如下错误：

Running *.gjf ...
./run.sh: line 10: *.gjf: No such file or directory

real        0m0.001s
user        0m0.000s
sys        0m0.000s
*.gjf is finished

/nobackup/lify/try/try-batch

****** Entered ./c folder

Running c.gjf ...
./run.sh: line 10: g09: command not found

real        0m0.001s
user        0m0.000s
sys        0m0.000s
c.gjf is finished



任务出错无法运行，可以得到一个空的log文件。
请问各位老师：1.这个批量提任务的脚本，只提供gjf就可以吗？pbs需要手动生成吗？
                      2.为什么会显示g09命令找不到？把g09换成g16还是不对。

abdoman

zhujianhao 发表于 2019-12-10 18:57
谢谢解答。我改了pbs的路径和环境变量，报错原因还是和上面一样。请问这个批量提任务，可以只提供gjf吗？

最简单的办法，问问集群管理员。
这里回答太麻烦了。
1. 贴出你pbs完整的内容
2. 到底是g09还是g16， 终端分别输入：which g09 和which g16 返回的结果是什么？

zhujianhao

abdoman 发表于 2019-12-10 17:56
如果用pbs的话，比较麻烦（对于新手来说）
1，文件读写的路径必须在节点也可以访问
2. pbs文件里面要 cd  ...

谢谢解答。我改了pbs的路径和环境变量，报错原因还是和上面一样。请问这个批量提任务，可以只提供gjf吗？

abdoman

如果用pbs的话，比较麻烦（对于新手来说）
1，文件读写的路径必须在节点也可以访问
2. pbs文件里面要 cd $PBS_O_WORKDIR 切换到工作路径下。
3. g09 命令找不到，说明环境变量有误，
在pbs脚本里面 source /g09_path/bsd/g09.login (如果我没有记错的话）