Gromacs模拟离子液体退火时出现语法错误求助

小和尚

请问sob老师和给我老师朋友，我在模拟离子液体做退火处理时，出现以下错误：

Fatal error:
First time point for annealing > init_t.

加入tini_t = 0，在退火时间改为annealing-time = 0 1500 3000 4000 5000后还是不能解决。具体的mdp文件内容如下，请问大家应该如何解决呢？非常感谢您的解答。

title       = NPT equilibration
; Run parameters
integrator  = md        ; leap-frog integrator
nsteps      = 2500     ; 2 * 2500 = 5000 ps
dt          = 0.002     ; 2 fs
; Output control
nstxout     = 25000       ; save coordinates every 5.0 ps
nstvout     = 25000       ; save velocities every 5.0 ps
nstenergy   = 25000       ; save energies every 5.0 ps
nstlog      = 25000       ; update log file every 5.0 ps
; Bond parameters
continuation    = no       ; first dynamics run
constraint_algorithm = lincs    ; holonomic constraints
constraints     = h-bonds     ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter      = 1             ; accuracy of LINCS
lincs_order     = 4             ; also related to accuracy
; Neighborsearching
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type         = grid      ; search neighboring grid cells
nstlist         = 10        ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet
rcoulomb        = 1.0       ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw            = 1.0       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype     = PME       ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order       = 4         ; cubic interpolation
fourierspacing  = 0.16      ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling
tcoupl      =  V-rescale                   ; thermostat
tc-grps     = system   ; two coupling groups - more accurate
tau_t       = 0.4  ; time constant, in ps
ref_t       = 473         ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling
pcoupl      =  parrinello-rahman        ; pressure coupling is on for NPT
pcoupltype  = isotropic                     ; uniform scaling of box vectors
tau_p       = 2.0                           ; time constant, in ps
ref_p       = 1.0                           ; reference pressure, in bar
compressibility = 4.5e-5                    ; isothermal compressibility of water, bar^-1
refcoord_scaling    = com
;Simulated annealing
annealing               = single
annealing-npoints       = 4
annealing-time          = 1500 3000 4000 5000
init_t
annealing-temp          = 473 443 403 373
; Periodic boundary conditions
pbc         = xyz       ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr    = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel     = no       ; velocity generation off after NVT

小和尚

sobereva 发表于 2019-12-22 16:00
标题里不要在末尾用叹号，给你改了
写tinit=0没有意义，本来默认就是0。annealing-time需要从0时刻开始指 ...

非常感谢，根据您给的提示，把问题解决了。

小和尚

wbn 发表于 2019-12-22 14:11
annealing-time  里数字从0开始，数字数量要与annealing-npoints 相等
示例：
annealing           =  si ...

非常感谢！使用您给出的方法解决了问题。

sobereva

标题里不要在末尾用叹号，给你改了
写tinit=0没有意义，本来默认就是0。annealing-time需要从0时刻开始指定（或者指定了tinit的时候，从tinit开始指定），要不然程序不知道一开始温度怎么控

wbn

annealing-time  里数字从0开始，数字数量要与annealing-npoints 相等
示例：
annealing           =  single
annealing-npoints   =  5
annealing-time      =  0 500 1500 7500 8000
annealing-temp      =  298 598 598 298 298