amber 调用不了guassian09 的问题

hhhnano

按照sob老师的教程先在笔记本电脑上安装了gaussian E01, gview, 也安装了Amber12

http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

gview ，g09运行正常，

Entering Gaussian System, Link 0=g09


安装和配置具体步骤：
                        

unzipgaosi09-E01.zip

mkdir/home/xzhfood/gaussian/g09/scratch

su

cdgaussian

chmod750 -R *

cdg09

chmod 775 -R  scratch

查看文件权限

stat -c '%A %a %n' *
配置：

gedit/home/xzhfood/.bashrc

#gaussian09

exportg09root=/home/xzhfood/gaussian

exportGAUSS_SCRDIR=/home/xzhfood/gaussian/g09/scratch

source$g09root/g09/bsd/g09.profile

#gaussian-view

exportGV_DIR=/home/xzhfood/gaussian/gv

exportLIBPATH=/home/xzhfood/gaussian/gv/lib

exportLD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/xzhfood/gaussian/gv/lib

exportPATH=$PATH:/home/xzhfood/gaussian/gv

alias gv='gview.exe'

source/home/xzhfood/.bashrc

看到网上有篇QM/MM计算的教程，成功运行，计算结果正确。

[xzhfood@bogon gaussian-amber]$ ll
total 1016
-rw-rw-r--. 1 xzhfood xzhfood    259 Dec 16 22:54 amber-g09-min.in
-rw-rw-r--. 1 xzhfood xzhfood  11432 Dec 22 09:03 amber-g09-min.out
-rw-rw-r--. 1 xzhfood xzhfood   1070 Dec 22 09:03 amber-g09-min.rst
-rw-rw-r--. 1 xzhfood xzhfood      1 Dec 22 09:03 fort.351
-rw-r--r--. 1 root    root    880640 Dec 22 09:03 gau_job.chk
-rw-rw-r--. 1 xzhfood xzhfood   1070 Dec 16 22:50 his.crd
-rw-rw-r--. 1 xzhfood xzhfood   1951 Dec 16 22:50 his-ini.pdb
-rw-rw-r--. 1 xzhfood xzhfood  25840 Dec 16 22:50 his.top
-rw-rw-r--. 1 xzhfood xzhfood   9174 Dec 16 22:50 leap.log
-rw-rw-r--. 1 xzhfood xzhfood    412 Dec 22 09:03 mdinfo
-rw-r--r--. 1 root    root      3663 Dec 22 09:03 old.gau_job.inp
-rw-r--r--. 1 root    root     48302 Dec 22 09:03 old.gau_job.log


>>> Running calculations with Gaussian <<<

| &gau
|   method       = BLYP               
|   basis        = 6-31G               
|   scf_conv     =  8
|   charge       =  0
|   spinmult     =  1
|   ntpr         = 50
|   num_threads  =  1
|   verbosity    =  0
|   dipole       =  F
|   use_templte  =  F
| /
| Program g09 found!

| Executable location: /home/xzhfood/gaussian/g09/g09

--------------------------------------------------------------------------------
   4.  RESULTS
--------------------------------------------------------------------------------


   NSTEP       ENERGY          RMS            GMAX         NAME    NUMBER
      1      -1.6571E+05     1.2411E+03     7.1568E+03     H          25

BOND    =        0.0206  ANGLE   =        0.4312  DIHED      =       16.9792
VDWAALS =      792.1448  EEL     =      -82.0092  HBOND      =        0.0000
1-4 VDW =        5.5589  1-4 EEL =       44.7113  RESTRAINT  =        0.0000
EXTERNESCF =  -166492.6739


  Maximum number of minimization cycles reached.


                    FINAL RESULTS



   NSTEP       ENERGY          RMS            GMAX         NAME    NUMBER
     10      -1.6643E+05     5.4789E+01     2.3801E+02     N          24

BOND    =        3.8217  ANGLE   =        1.4172  DIHED      =       17.0026
VDWAALS =       79.5706  EEL     =      -82.0674  HBOND      =        0.0000
1-4 VDW =        5.2731  1-4 EEL =       44.3566  RESTRAINT  =        0.0000
EXTERNESCF =  -166495.5806

--------------------------------------------------------------------------------
   5.  TIMINGS
--------------------------------------------------------------------------------

|          QMMM                      81.93 (100.0% of Force)
|       Force time                81.93 (100.0% of Runmd)
|    Runmd Time                81.93 (99.71% of Total)
|    Other                      0.24 ( 0.29% of Total)
| Total time                82.17 (100.0% of ALL  )

| Highest rstack allocated:        110
| Highest istack allocated:         22

| Final Performance Info:
| -----------------------------------------------------
| Average timings for all steps:
|     Elapsed(s) =      81.93 Per Step(ms) =   81934.43
|         ps/day =      1.055   seconds/ns =   81934.43
| -----------------------------------------------------

|           Job began  at 09:02:34.142  on 12/22/2019
|           Setup done at 09:02:34.383  on 12/22/2019
|           Run   done at 09:03:56.317  on 12/22/2019
|     wallclock() was called     387 times




但是采用同样的方法，在台式电脑上安装配置了gaussian E01和Amber12，发现sander调用不了gaussian09,不知道问题出在哪里？

特请教各位前辈，非常感谢！

[xzhfood@localhost gam-amber]$ sander -O -i amber-g09-min.in -o amber-g09-min.out -c his.crd -p his.top -r amber-g09-min.rs

很快就结束了，g09没有启动，出现了下面文件：


[xzhfood@localhost gam-amber]$ ll
total 396
-rw-rw-r--. 1 xzhfood xzhfood    259 Dec 21 11:08 amber-g09-min.in
-rw-rw-r--. 1 xzhfood xzhfood   9424 Dec 21 21:39 amber-g09-min.out
-rw-rw-r--. 1 xzhfood xzhfood   1070 Dec 21 11:07 his.crd
-rw-rw-r--. 1 xzhfood xzhfood   1951 Dec 21 11:07 his-ini.pdb
-rw-rw-r--. 1 xzhfood xzhfood  25840 Dec 21 11:07 his.top
-rw-rw-r--. 1 xzhfood xzhfood  14076 Dec 21 11:07 leap.log
-rw-rw-r--. 1 xzhfood xzhfood      0 Dec 21 11:09 mdinfo
-rw-rw-r--. 1 xzhfood xzhfood     81 Dec 21 21:05 mdout
-rw-rw-r--. 1 xzhfood xzhfood 524288 Dec 21 21:30 y.chk
-rw-rw-r--. 1 xzhfood xzhfood     19 Dec 21 21:30 y.fchk


  ..................................



3.1 QM CALCULATION INFO
--------------------------------------------------------------------------------

| Please also cite the following work for the use of the QM/MM interface:

| A. W. G"otz, M. A. Clark, R. C. Walker
| "An extensible interface for ab initio QM/MM molecular dynamics simulations
|  with AMBER"
| J. Comput. Chem. 2013
| DOI: 10.1002/jcc.23444

Constants for unit conversion taken from
Mohr, Taylor, Newell, Rev. Mod. Phys. 80 (2008) 633-730
and using the thermochemical calorie (1 cal = 4.184 J):

A_TO_BOHRS  =  1.889726132873E+00
AU_TO_KCAL  =  6.2750946943E+02
AU_TO_DEBYE =  2.54174623E+00

  >>> Running calculations with Gaussian <<<




后面没有了，g09没有启动，不知道为什么？

Maeterlinck

tanshy 发表于 2022-2-23 21:24
请问sob老师和楼主~我也出现同样的问题，但是我的in文件里&qmmm有指定qmcharge和spin。该怎么解决呢？用的 ...

您好，您的问题解决了嘛， 我也遇到了相同问题

tanshy

请问sob老师和楼主~我也出现同样的问题，但是我的in文件里&qmmm有指定qmcharge和spin。该怎么解决呢？用的是amber20的sander，in文件如下：
Example QM/MM input for Sander - Gaussian interface
&cntrl
  imin=1, maxcyc=10,
  ntb=0,
  cut=20.,
  ifqnt=1
&end
&qmmm
  qmmask='@11-21'
  qmcharge=0,
  spin=1,
  qm_theory='EXTERN',
  qmcut=20.0
&end
&gau
  method = 'BLYP',
  basis = '6-31G**',
  charge = 0
&end


out文件末尾：
  3.1 QM CALCULATION INFO
--------------------------------------------------------------------------------

| Please also cite the following work for the use of the QM/MM interface:

| A. W. G"otz, M. A. Clark, R. C. Walker
| "An extensible interface for ab initio QM/MM molecular dynamics simulations
|  with AMBER"
| J. Comput. Chem. 35 (2014) 95-108.
| DOI: 10.1002/jcc.23444

Constants for unit conversion taken from
Mohr, Taylor, Newell, Rev. Mod. Phys. 80 (2008) 633-730
and using the thermochemical calorie (1 cal = 4.184 J):

A_TO_BOHRS  =  1.889726132873E+00
AU_TO_KCAL  =  6.2750946943E+02
AU_TO_DEBYE =  2.54174623E+00

  >>> Running calculations with Gaussian <<<

SANDER BOMB in subroutine get_namelist (qm2_extern_gau_module)
The charge and spin keywords are deprecated
Please specify charge (qmcharge) and spin multiplicity (spin) in the &qmmm namelist.

命令如下：
sander -O -i amber-g09-min.in -o amber-g09-min.out -c his.crd -p his.top -r amber-g09-min.rst

hhhnano

谢谢SOB老师指导。

sobereva

hhhnano 发表于 2019-12-22 17:38
当前centos 系统可以启动g90:
[xzhfood@bogon ~]$ g09
Entering Gaussian System, Link 0=g09

提示都写了在&qmmm字段指定电荷和自旋，补上就完了
有问题首先想着看手册啊
很多教程要么不靠谱，要么跟当前版本的情况不对应

hhhnano

当前centos 系统可以启动g90:
[xzhfood@bogon ~]$ g09
Entering Gaussian System, Link 0=g09

现在运行又多了两行：
  >>> Running calculations with Gaussian <<<

SANDER BOMB in subroutine get_namelist (qm2_extern_gau_module)
The charge and spin keywords are deprecated
Please specify charge (qmcharge) and spin multiplicity (spin) in the &qmmm namelist.


可是教程里面没有spin参数设置。

sobereva

先确保当前机子里直接用g09命令能启动Gaussian