粗粒化模拟的蛋白二级结构发生了较大变化

路过的一只 · 发表于 Post on 2020-1-3 16:56:58

请问一下老师，我用martini粗粒化模拟的膜蛋白，映射回全原子后发生了二级结构的变化，α螺旋变成了无规则的卷曲，请问这是什么原因导致的呢？该如何解决呢？
我的mdp文件如图

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-1-5 20:19:27

路过的一只发表于 2020-1-4 15:28
谢谢回答，martini加的是elnedyn，做top时用了dssp。因为用vdw-type时提示让我换成force-switch或cut-off ...

不科学啊 vdw-type用cutoff就行
或者直接爬new-rf.mdp

你看看你rubberband加了没有啊
有没有需要define rubberband

路过的一只 · 发表于 Post on 2020-1-4 20:52:33

sobereva 发表于 2020-1-3 17:30
确认原子名符合IUPAC规范，否则VMD等程序可能没法识别二级结构

老师，我是用的charmm-gui映射回的全原子，在view structure中看到二级结构变化了，用pymol看也一样……我对比了下charmm36的残基map文件和映射回的全原子结构文件中的原子命名是对不上的，请问我该怎么解决呢？

路过的一只 · 发表于 Post on 2020-1-4 15:28:19

wuzhiyi 发表于 2020-1-3 23:08
matini加elastic network没有？做matini topology的时候用dssp了没有？
为啥用force-swtich？用matini官方 ...

谢谢回答，martini加的是elnedyn，做top时用了dssp。因为用vdw-type时提示让我换成force-switch或cut-off…我用的是gmx5.1.2的版本…

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-1-3 23:08:35

matini加elastic network没有？做matini topology的时候用dssp了没有？
为啥用force-swtich？用matini官方的mdp不好么

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-3 17:30:04

确认原子名符合IUPAC规范，否则VMD等程序可能没法识别二级结构

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[GROMACS] 粗粒化模拟的蛋白二级结构发生了较大变化