VMD选择语句选择MS导出的轨迹中的水求助

星空DMU · 发表于 Post on 2020-1-9 09:28:30

各位大神，我用MS导出轨迹文件，格式为.xyz ，想分析水分子上的氢和高分子聚合物分子上的氧之间氢键数量随帧数的变化。但用VMD选择water，结果为空，打开轨迹文件，如图所示，都是单个原子的坐标信息，并没有water的信息，我是用脚本在ms里生成轨迹txt文件，又改成了xyz文件，然后导入VMD里。请问，用ms怎么导出含有water信息的轨迹文件？

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-28 18:32:39

Caini 发表于 2021-9-28 15:37
请问在VMD可以根据原子type修改残基名吗？需要怎么操作？

需要自己写VMD tcl脚本

Caini · 发表于 Post on 2021-9-28 15:37:46

sobereva 发表于 2020-1-10 01:28
VMD中的water选择方式是根据残基名判断哪些是水里面的原子。xyz里没残基名信息，VMD没法识别
保存成pdb这 ...

请问在VMD可以根据原子type修改残基名吗？需要怎么操作？

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-11 20:42:44

星空DMU 发表于 2020-1-10 10:34
谢谢sob老师，但pdb格式不是只有一帧嘛，应该不能分析体系某些量随帧数的变化规律吧。

pdb格式可以记录多帧，看pdb格式标准定义文档

诸如NMR实验测定的溶液中的蛋白质给出的pdb通常就是多帧的
VMD也可以把轨迹转换成多帧的pdb格式

星空DMU · 发表于 Post on 2020-1-10 10:34:51

sobereva 发表于 2020-1-10 01:28
VMD中的water选择方式是根据残基名判断哪些是水里面的原子。xyz里没残基名信息，VMD没法识别
保存成pdb这 ...

谢谢sob老师，但pdb格式不是只有一帧嘛，应该不能分析体系某些量随帧数的变化规律吧。

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-10 01:28:05

VMD中的water选择方式是根据残基名判断哪些是水里面的原子。xyz里没残基名信息，VMD没法识别
保存成pdb这种有残基名、残基序号的文件，把残基名设成SOL或HOH

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