两个分子形成了氢键但是AIM却没有BCP键临界点数据的问题

陌上花开小伟 · 发表于 Post on 2020-2-7 21:16:25

老师您好：
我在用高斯计算的时候发现BF4分子与一个氨基酸分子形成了氢键，但是在用AIM分析读取键的电子密度等信息时却发现两个原子之间不成键，想问一下出现这种情况的原因或者处理方法？氢键的判断是在CYLview软件里面选择VDW后自动显示出氢键链接。同时其键长也小于两个原子之间的范德华半径之和（F的范德华半径1.47埃，H的范德华半径1.2埃，X-H...F的范德华半径之和为2.67埃), AIM分析来自于Multiwfn对高斯输出文件进行处理得到键临界点信息。

陌上花开小伟 · 发表于 Post on 2020-2-8 16:01:35

sobereva 发表于 2020-2-8 04:51
是否有键径/BCP和是否存在直接的相互作用根本没有必然关系

学习了，谢谢老师。

陌上花开小伟 · 发表于 Post on 2020-2-8 16:01:05

liyuanhe211 发表于 2020-2-8 02:46
看看氢键所在平面的填色截面图

老师，这是填色截面图。

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-8 04:51:02

是否有键径/BCP和是否存在直接的相互作用根本没有必然关系

比起通过BCP判断是否存在显著相互作用明显靠谱、合理得多的做法是做NCI或者IGM分析，仔细看
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407（http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html）
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

倘若非要用BCP说事：
严格的判断是否存在BCP的做法看此文
利用约化密度梯度(RDG)考察AIM临界点的位置
http://sobereva.com/267（http://bbs.keinsci.com/thread-449-1-1.html）

如果按照上文做法发现理应存在，9成可能是临界点搜索方式或者搜索过程不合理导致没找到，怎么处理看
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-2-8 02:46:34

看看氢键所在平面的填色截面图

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[波函数分析求助] 两个分子形成了氢键但是AIM却没有BCP键临界点数据的问题

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