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[GROMACS] make_ndx 怎么用

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make_ndx 之后, nr : group      '!': not  'name' nr name   'splitch' nr    Enter: list groups 'a': atom       '&': and  'del' nr         'splitres' nr   'l': list residues
't': atom type  '|': or   'keep' nr        'splitat' nr    'h': help
'r': residue              'res' nr         'chain' char
"name": group             'case': case sensitive           'q': save and quit
'ri': residue index
用这些东西 怎么把某几个组命名成一个组 命令是什么呢 谢谢

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发表于 Post on 2023-10-24 01:58:44 | 只看该作者 Only view this author
Hailu 发表于 2023-10-23 13:27
老师你好,我想问一下。如果我想选择配体周围5A范围内的氨基酸所有原子建立一个新组的话,怎么操作呀

建议用我写的这个VMD自定义命令去产生记录选择区域原子序号的文件,把文件里的内容复制到index文件里作为一个组即可



选择语句的知识:
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-10-23 13:27:51 | 只看该作者 Only view this author

老师你好,我想问一下。如果我想选择配体周围5A范围内的氨基酸所有原子建立一个新组的话,怎么操作呀

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发表于 Post on 2023-5-26 09:26:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-26 04:51
参考这页北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)ppt
...

感谢老师的解答!

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发表于 Post on 2023-5-26 04:51:40 | 只看该作者 Only view this author
shoujingcao 发表于 2023-5-25 14:17
老师您好,我在用gmx make_ndx -f 1.pdb -o index.ndx 定义某个组的时候,执行完这个命令以后会出现如下 ...

参考这页北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)ppt


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-5-25 14:17:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 shoujingcao 于 2023-5-25 14:19 编辑

老师您好,我在用gmx make_ndx -f 1.pdb -o index.ndx 定义某个组的时候,执行完这个命令以后会出现如下所示的提示
0 System              :  7292 atoms
  1 Protein             :  7249 atoms
  2 Protein-H           :  3665 atoms
  3 C-alpha             :   461 atoms
  4 Backbone            :  1383 atoms
  5 MainChain           :  1845 atoms
  6 MainChain+Cb        :  2278 atoms
  7 MainChain+H         :  2288 atoms
  8 SideChain           :  4961 atoms
  9 SideChain-H         :  1820 atoms
10 Prot-Masses         :  7249 atoms
11 non-Protein         :    43 atoms
12 Other               :    43 atoms
13 UNL                 :    43 atoms

nr : group      '!': not  'name' nr name   'splitch' nr    Enter: list groups
'a': atom       '&': and  'del' nr         'splitres' nr   'l': list residues
't': atom type  '|': or   'keep' nr        'splitat' nr    'h': help
'r': residue              'res' nr         'chain' char
"name": group             'case': case sensitive           'q': save and quit
'ri': residue index

>

我想自定义一个新组14,比如ri 380
请问我该使用什么命令将下列三行命令放在一个文本中执行呢
gmx make_ndx -f 1.pdb -o index.ndx
ri 380
q


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发表于 Post on 2021-9-7 00:30:29 | 只看该作者 Only view this author
5撇到3撇 发表于 2021-9-6 23:43
老师,刚才尝试用pdb2gmx 产生.gro文件,查看生成的.gro文件发现残基号还是会重复欸,是因为同源三聚体的 ...

gmx editconf -f old.gro -o new.gro -resnr 1

new.gro里是从1开始连续编号的
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发表于 Post on 2021-9-6 23:43:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-6 16:09
pdb2gmx产生的gro文件里每个残基的残基号都是独立的,不可能像pdb里那样还有重复的

老师,刚才尝试用pdb2gmx 产生.gro文件,查看生成的.gro文件发现残基号还是会重复欸,是因为同源三聚体的原因吗?还麻烦老师看一下,谢谢

test.gro

215.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 29

complex1.pdb

295.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

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发表于 Post on 2021-9-6 16:41:51 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2021-9-6 16:41:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-6 16:09
pdb2gmx产生的gro文件里每个残基的残基号都是独立的,不可能像pdb里那样还有重复的

好嘞,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-9-6 16:28:53 | 只看该作者 Only view this author
5撇到3撇 发表于 2021-9-6 15:35
好的谢谢老师,那如果三条链的残基号都是一样的,比方说都是1-100,这种情况怎么办呢?

链不同

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发表于 Post on 2021-9-6 16:09:29 | 只看该作者 Only view this author
5撇到3撇 发表于 2021-9-6 15:35
好的谢谢老师,那如果三条链的残基号都是一样的,比方说都是1-100,这种情况怎么办呢?

pdb2gmx产生的gro文件里每个残基的残基号都是独立的,不可能像pdb里那样还有重复的
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发表于 Post on 2021-9-6 15:35:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-6 15:26
根据残基号范围选

好的谢谢老师,那如果三条链的残基号都是一样的,比方说都是1-100,这种情况怎么办呢?

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发表于 Post on 2021-9-6 15:26:15 | 只看该作者 Only view this author
5撇到3撇 发表于 2021-9-5 16:31
请教一下老师,如果蛋白是有多链的话,怎么给每条链分别分成一组呢?输入make_ndx -f protein.pdb后没有 ...

根据残基号范围选
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发表于 Post on 2021-9-5 16:31:22 | 只看该作者 Only view this author

请教一下老师,如果蛋白是有多链的话,怎么给每条链分别分成一组呢?输入make_ndx -f protein.pdb后没有看到chainA\B\C的信息,直接输入 chain A 提示Found 0 atoms with chain identifier A,但是pdb中已经标识好了,不知道怎么选择chain,谢谢!

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