碳管富集小分子-mdp文件修改求助

夜夜衣

各位老师前辈新年好，我想用gromacs模拟碳管富集小分子气体的过程，力场使用的charmm36,。体系盒子大小31.5nm3，气体分子放了380个（PV=nrt，p=50Mpa，T=300K求得）但是在输入文件（各个mdp）上拿不准，我想做随着压强减小的富集效应，希望各位能帮我检查下em,npt和md的输入文件，可否只做npt不做nvt？谢谢！

夜夜衣

sobereva 发表于 2020-2-19 12:40
没具体的体系的结构图根本没法说

强烈不建议用这种东西，容易令动力学初期不稳定、崩溃：

我先按照您的修改下

夜夜衣

sobereva 发表于 2020-2-19 12:40
没具体的体系的结构图根本没法说

强烈不建议用这种东西，容易令动力学初期不稳定、崩溃：

谢谢sob老师，感觉很惭愧，我是做催化理论的，主要用vasp，需要用经典md模拟一下富集系数，好设定微观动力学模拟里面的压强，AIMD完全跑不动。经典md以前没接触过，这段时间只是把力场参数都搞定了。但是mdp文件里面的参数实在在短时间内设置合适的，谢谢老师

sobereva

没具体的体系的结构图根本没法说

强烈不建议用这种东西，容易令动力学初期不稳定、崩溃：
gen_vel                = yes
gen_temp        = 300

明明用的isotropic，怎么控压参数还设俩？

constraints = all-bonds这都是以讹传讹的非常糟糕的设置

define  = -DPOSRES到底是什么目的也没写明

没交代体系有没有水，怎么能设成tc-grps  = Water non-Water

明显你的npt.mdp根本就不是对应于你真正要跑的体系的。