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[Gaussian/gview] CBS-QB3计算耗时问题

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请问使用CBS-QB3计算一百多个原子的pKa,四核电脑大概需要计算多久呢。假如过于昂贵,有没有替代方法来计算大体系的pKa呢?

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发表于 Post on 2022-2-21 18:39:54 | 只看该作者 Only view this author

好的,感谢!

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发表于 Post on 2022-2-21 17:03:47 | 只看该作者 Only view this author
Changwenxu 发表于 2022-2-21 08:36
我可以用B3LYP优化后得到的结构和自由能校正量   来校正DLPNO-CCSD(T)的单点能, 然后优化的结构再用M05- ...

可以
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-2-21 15:36:06 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-2-19 20:18
用DLPNO-CCSD(T)吧,算100个原子都可以,而且精度和CBS-QB3差不多

我可以用B3LYP优化后得到的结构和自由能校正量   来校正DLPNO-CCSD(T)的单点能, 然后优化的结构再用M05-2X/6-31G*来算溶解自由能? 最后再用这两能量算PKa, 这样算可以吗?

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发表于 Post on 2022-2-19 20:18:06 | 只看该作者 Only view this author
Changwenxu 发表于 2022-2-19 12:20
嗯嗯,感谢! 还有个问题,CBS-QB3算40原子的小分子是不是也很吃力,我用的服务器是24核的

用DLPNO-CCSD(T)吧,算100个原子都可以,而且精度和CBS-QB3差不多
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-2-19 20:02:36 | 只看该作者 Only view this author
Changwenxu 发表于 2022-2-19 14:24
s大您好,如果我40个原子,24核服务器用cbs-qb3能跑出来吗?

别指望
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-2-19 19:20:15 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-2-19 15:57

CBS-QB3自带基组,不用另写
参见http://gaussian.com/cbs/

嗯嗯,感谢! 还有个问题,CBS-QB3算40原子的小分子是不是也很吃力,我用的服务器是24核的

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发表于 Post on 2022-2-19 15:57:00 | 只看该作者 Only view this author
Changwenxu 发表于 2022-2-19 08:16
还有一个问题,用cbs-qb3 相当于 结构优化+单点能吗?但我没看到您压缩包文件里设置 基组,只写了cbs-qb3 ...


CBS-QB3自带基组,不用另写
参见http://gaussian.com/cbs/
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发表于 Post on 2022-2-19 15:16:52 | 只看该作者 Only view this author
Changwenxu 发表于 2022-2-19 14:24
s大您好,如果我40个原子,24核服务器用cbs-qb3能跑出来吗?

还有一个问题,用cbs-qb3 相当于 结构优化+单点能吗?但我没看到您压缩包文件里设置 基组,只写了cbs-qb3?

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发表于 Post on 2022-2-19 14:24:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-21 16:32
以你的配置算这类体系CBS-QB3,估计算一半机子就崩了,如果不崩,你有生之年也看不到结果。以你的计算条件 ...

s大您好,如果我40个原子,24核服务器用cbs-qb3能跑出来吗?

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发表于 Post on 2020-2-21 16:32:51 | 只看该作者 Only view this author
以你的配置算这类体系CBS-QB3,估计算一半机子就崩了,如果不崩,你有生之年也看不到结果。以你的计算条件撑死了算十几个原子

对于大体系,直接用常规方法算自由能,仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html

如果用像样的级别算不动,试图把模型进行简化,把那些估计不会显著影响pka的基团都给截掉并饱和,或者不重要的区域用小基组。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
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发表于 Post on 2020-2-20 12:18:24 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-2-20 12:14
只要带CCSD(T)的,就别忘了O(N^7)的标度。就算你内存无限大,估计十年也算不完。

溶解自由能本身结合SMD模型也没什么M05-2X/6-31G*更好的选择。这才是主要误差来源。

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发表于 Post on 2020-2-20 12:14:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 snljty 于 2020-2-20 13:09 编辑

只要带完整版CCSD(T)的,就别忘了O(N^7)的标度。就算你内存无限大,用Gaussian估计十年也算不完。

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发表于 Post on 2020-2-20 12:14:38 | 只看该作者 Only view this author
Veijinnl 发表于 2020-2-20 11:57
可是已经有很多CBS-QB3计算水相pka的报道了

用6-31G基组瞎算的文章我还能找出一大把呢。你找个水相pKa表格,挑一共就几个原子那种算算试试,看看误差是不是和高级别热力学组合方法的气象自由能误差在一个数量级呗。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-20 11:57:03 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2020-2-20 11:34
如果是溶液相pka,你用W4算也没用。主要误差来自溶剂化能。

可是已经有很多CBS-QB3计算水相pka的报道了

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