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[新手求助] 求助OH自由基取代反应中过渡态C链变形问题

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请教各位老师,我计算了C6F12O中全氟甲基中的F的取代反应,TS初猜、优化后的TS以及优化后产物如图所示。优化后的TS虚频正常,但从下图可以看到优化后的TS中C链产生了明显的变形,导致TS离产物相差很远。1.请问这个问题怎么解决 2.类似的结构如何进行合理初猜,谢谢各位老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-3 13:59:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-3 11:00
有时候因为一开始的几步位移比较大,导致跑到其它极小点附近去

好的,谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-3-3 11:00:53 | 只看该作者 Only view this author
YjLiu 发表于 2020-3-2 19:48
好的,谢谢老师。还想请问一下老师此时为何要使用较小的步长上限,是为了防止振荡吗?如果是默认步长上限 ...

有时候因为一开始的几步位移比较大,导致跑到其它极小点附近去
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-2 19:48:04 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢老师。还想请问一下老师此时为何要使用较小的步长上限,是为了防止振荡吗?如果是默认步长上限优化到期望产物可以吗?

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发表于 Post on 2020-3-1 23:20:06 | 只看该作者 Only view this author
YjLiu 发表于 2020-2-28 08:09
好的,老师,您说的较小的步数上限一般是多少?10左右可以吗?谢谢

可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-28 08:09:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-28 03:00
显然还得对产物一端做几何优化。如果用较小步长上限做优化能最终得到你期望的产物就没问题了

好的,老师,您说的较小的步数上限一般是多少?10左右可以吗?谢谢

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发表于 Post on 2020-2-28 03:00:43 | 只看该作者 Only view this author
YjLiu 发表于 2020-2-27 20:00
老师你好,是这样的,就是使用这个优化后的过渡态走IRC,IRC产物端的结构和我期望的产物有一点区别(IRC产 ...

显然还得对产物一端做几何优化。如果用较小步长上限做优化能最终得到你期望的产物就没问题了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-27 20:00:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-27 18:55
没看明白你的问题,也可能截图里视角不好
优化后的过渡态并不离谱。走IRC,能走通期望的反应物和产物就进 ...

老师你好,是这样的,就是使用这个优化后的过渡态走IRC,IRC产物端的结构和我期望的产物有一点区别(IRC产物端的结构的俯视时最下方的C-C-C键是有一定的角度的,而期望产物优化后下方C-C-C俯视下几乎在同一直线)

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发表于 Post on 2020-2-27 18:55:27 | 只看该作者 Only view this author
没看明白你的问题,也可能截图里视角不好
优化后的过渡态并不离谱。走IRC,能走通期望的反应物和产物就进一步说明没问题
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