求助：GROMACS跑模拟GPU占用低的问题

zlzed888 · 发表于 Post on 2020-3-19 16:41:34

各位大神好！我在Win下用Sob老师编译的GROMACS GPU加速版进行模拟计算，显卡占用只有17-18%（2080S），请问是什么原因呢？
另外，我用RTX2080S和2060跑同样的任务，计算时间也差不多，麻烦大家解答一下，万分感谢。

baisl · 发表于 Post on 2020-4-6 13:30:45

佳友小鱼发表于 2020-4-6 10:49
5w原子和20w原子系统，居然20w的占用率还要低，这着实令人感到费解啊！

请问你20w原子的CPU占用率多高 ...

CPU占用率都是100%满载，主频也都稳定在4.2。其他内存现存占用率没注意，不过占用都不大最多几百兆。我这边4w原子计算大约是190ns/d，20w原子大约是33ns/d。动力学模拟的算法复杂度应该近似于n，也就是说按照4w原子来算，20万原子应该大约是38ns/d。而我差的10%的GPU效率就差出这几个ns的效率，并非不可接受。所以说CPU瓶颈很严重到不至于，但是缺失有影响。

baisl · 发表于 Post on 2020-4-5 16:47:04

王寓于发表于 2020-4-5 12:28
请问一下这个GPU占用率从哪看？

nvidia-smi, nvidia-smi -q能看到更详细的信息

王寓于 · 发表于 Post on 2020-4-5 12:28:06

baisl 发表于 2020-4-5 12:20
“体系小，负载轻”这句话不一定对。我的硬件是i5 9600KF搭配RTX2060显卡，用GMX2019.1跑md。在我的硬件中 ...

请问一下这个GPU占用率从哪看？

baisl · 发表于 Post on 2020-4-5 12:20:49

本帖最后由 baisl 于 2020-4-5 12:23 编辑

“体系小，负载轻”这句话不一定对。我的硬件是i5 9600KF搭配RTX2060显卡，用GMX2019.1跑md。在我的硬件中，5w原子能够达到80%以上的GPU占用，吃满160W功耗。但是20万原子的体系，GPU只能吃到70%左右的占用，并且只有140W左右的功耗，推测是CPU遇到部分瓶颈。因此楼主5w原子导致负载不够用不起来感觉不太可能。我主要还是怀疑是驱动问题导致的占用率不足。
至于楼上说的内存与显存问题，本身GMX就不吃内存和显存，就是20万原子显存也只用了200M左右。

zlzed888 · 发表于 Post on 2020-3-25 12:32:18

夏一天发表于 2020-3-20 21:49
估计是体系小，负载轻。2060跑都富富有余的话，2080s也不会快多少的。

嗯嗯谢谢体系大概是30000原子数，我在测试一下。

zlzed888 · 发表于 Post on 2020-3-25 12:31:38

dinghongming 发表于 2020-3-20 20:56
不能光看显卡整体利用率吧，我觉得主要看GPU里面的Cuda利用率吧。另外，关于2080和2060差不多因素很多吧， ...

嗯嗯，CPU9700K。体系大概30000原子数，GROMACS计算主要在GPU上。
谢谢我在尝试一下。

夏一天 · 发表于 Post on 2020-3-20 21:49:55

估计是体系小，负载轻。2060跑都富富有余的话，2080s也不会快多少的。

dinghongming · 发表于 Post on 2020-3-20 20:56:22

不能光看显卡整体利用率吧，我觉得主要看GPU里面的Cuda利用率吧。另外，关于2080和2060差不多因素很多吧，比如CPU如何，实际的体系大小如何，如何分配CPU,GPU任务等等，主要还是靠自己多测试吧。

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