求助，牵引力模拟准备mdp文件的pull设置出现问题

小土豆 · 发表于 Post on 2020-4-3 12:42:07

ERROR 1 [file pull.mdp]:
  When the maximum distance from a pull group reference atom to other atoms
  in the group is larger than 0.5 times half the box size a centrally
  placed atom should be chosen as pbcatom. Pull group 2 is larger than that
  and does not have a specific atom selected as reference atom.

Pull group  natoms  pbc atom  distance at start  reference at t=0
   1    221    111
   2    128    8683    4.078 nm       4.078 nm

这该怎么解决呢，大佬们~

xhliu · 发表于 Post on 2021-5-25 22:22:53

同样遇到这个问题，所哟高版本都运行不下去吗？？

pubertystory · 发表于 Post on 2020-4-25 00:57:34

你的mdp文件的pull相关参数是什么吗？大概需要怎么牵引吗？

小土豆 · 发表于 Post on 2020-4-8 11:29:42

DwyaneWan 发表于 2020-4-5 22:22
亲测。2019版本不行，2018.6版本就可以！

我用的2019.2版本哭泣~~

小土豆 · 发表于 Post on 2020-4-8 11:29:11

DwyaneWan 发表于 2020-4-5 22:22
亲测。2019版本不行，2018.6版本就可以！

这。。。。。那好吧

DwyaneWan · 发表于 Post on 2020-4-5 22:22:37

亲测。2019版本不行，2018.6版本就可以！

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[GROMACS] 求助，牵引力模拟准备mdp文件的pull设置出现问题

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