请教两个问题，能量最小化和gmx order

张一手大哥 · 发表于 Post on 2020-4-11 02:53:43

求助帖，希望群里大佬帮忙，谢谢！
1、在packmol建立小分子活性剂和水混合体系后，在能量最小化过程中，先steep能量最小化，顺利。然后再cg能量最小化时候很多时候会报错：One or more water molecules can not be settled。请问这跟用packmol建立的盒子大小有关系么？还是什么其他原因导致的呢？pdb和itp文件查看了没有发现错误呢。

2、在gmx order里面，选择-o **.xvg，出来的文件是空的；但是通过-Sg **.xvg，出来的文件就有数据了。
请教大神，这其中S\sg\N代表什么呢？-o的S-Atom文件没有生成还是跟index有关对么？
@ xaxis label "Time (ps)"
@ yaxis label "S\sg\N"

@TYPE xy
0.000000 0.407145
2.000000 0.406523
4.000000 0.409426
6.000000 0.409456
8.000000 0.410728
10.000000 0.410997
12.000000 0.411356
14.000000 0.410981
16.000000 0.407771
18.000000 0.413308
20.000000 0.412524
22.000000 0.408892

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-5-19 19:27:31

张一手大哥发表于 2020-4-12 01:06
感谢感谢sob老师！！！
困扰我好几天的问题一下就解决了！谢谢！

我也在能量极小化时遇到同样的问题，请问您是怎么解决的？非常感谢

张一手大哥 · 发表于 Post on 2020-4-12 01:06:02

sobereva 发表于 2020-4-11 22:28
1 能量极小化时候别用刚性水

2 xmgrace对文件绘图，看显示出的坐标轴标签自然就知道什么含义了

感谢感谢sob老师！！！
困扰我好几天的问题一下就解决了！谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-11 22:28:15

1 能量极小化时候别用刚性水

2 xmgrace对文件绘图，看显示出的坐标轴标签自然就知道什么含义了

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 请教两个问题，能量最小化和gmx order