计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 10593|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:NPT平衡时盒子收缩导致金原子间距缩小

[复制链接 Copy URL]

4

帖子

0

威望

19

eV
积分
23

Level 1 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
最近在做一个金纳米粒和蛋白质相互作用的体系,金原子全部用freeze功能冻结的,但是跑完NPT平衡后盒子收缩导致金原子的位置也收缩了,这样金的晶格参数显然是不合理的,有什么方法可以解决这个问题吗?(我用的模型金原子之间是没有相互作用的)

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2020-4-25 03:15:58 | 只看该作者 Only view this author
如果是个孤立的纳米粒,而不是跨越盒子的,用位置限制而别用freeze,然后按照2L的说法肯定行
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

4

帖子

0

威望

19

eV
积分
23

Level 1 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-23 22:01:07 | 只看该作者 Only view this author
wuzhiyi 发表于 2020-4-19 16:38
不可能 你咋冻的? position restraint 的k是多少?

我用的freeze-grps直接把金原子冻结,没有用位置限制

374

帖子

2

威望

1543

eV
积分
1957

Level 5 (御坂)

5#
发表于 Post on 2020-4-19 16:38:55 | 只看该作者 Only view this author
不可能 你咋冻的? position restraint 的k是多少?

4

帖子

0

威望

19

eV
积分
23

Level 1 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-19 15:34:47 | 只看该作者 Only view this author

我把改了这个指令还是不行,冻结原子的位置还是会改变

4

帖子

0

威望

19

eV
积分
23

Level 1 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-18 18:39:17 | 只看该作者 Only view this author

谢谢 我去试试!

374

帖子

2

威望

1543

eV
积分
1957

Level 5 (御坂)

2#
发表于 Post on 2020-4-18 16:52:31 | 只看该作者 Only view this author
refcoord-scaling=no

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 02:02 , Processed in 0.181295 second(s), 27 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list