蛋白配体复合物动力学如何给小分子添加限制势

a779521025

    老师，我做分子对接后的蛋白配体复合物的动力学。在10 ns或20 ns后，小分子总会飞出蛋白，我看论坛里面有的说可以给小分子添加限制势，请问老师，限制势怎么加

sobereva

这么久才飞出蛋白，可能就是因为本身结合并非特别稳定，强行加限制势才不合理。
如果就是要加，用gmx genrestr产生配体的限制势文件，include到主top文件里。