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[VMD] 请问如何用vmd得到MD过程中键长变化?

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已将MD计算产生的XDATCAR文件转换为pdb文件,可在vmd中打开观看。现需要得到MD中某一键长变化情况,请问VMD能否实现?该如何操作?请大神赐教!

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发表于 Post on 2023-11-5 20:43:30 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,请问,如果原子在周期之间移动,即考虑周期性的情况下,怎么处理轨迹的键长键角信息呢@snljty

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发表于 Post on 2022-4-13 17:49:38 | 只看该作者 Only view this author
请问怎么将XDATCAR转换成PDB格式呀,在网上只有转换成xyz格式用VMD看的,但原子位置都不对了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-6 11:42:51 | 只看该作者 Only view this author

太好啦!非常感谢您!!!

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发表于 Post on 2020-5-6 08:55:48 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2020-5-5 11:29
我觉得主要问题是只显示了单胞内的原子,如果恶意显示单胞外的应该就可以了,请问可以让vmd显示单胞外的 ...


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-5 11:29:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-5 07:43
按键盘上的2,点击两个原子进行标记,然后

我觉得主要问题是只显示了单胞内的原子,如果恶意显示单胞外的应该就可以了,请问可以让vmd显示单胞外的原子吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-5 09:40:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-5 07:43
按键盘上的2,点击两个原子进行标记,然后

老师,有了。抱歉,我没有在label的框框里点选中的原子。还有个问题,就是我的结构是周期性结构,目前的胞里没有显示出整个分子,我想要看的键长正好没有显示出来,有什么办法吗?还是只能扩了胞再跑呢?非常感谢您!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-5 09:35:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-5 07:43
按键盘上的2,点击两个原子进行标记,然后

请问老师,是导入XDATCAR的pdb文件吗?我点graph没有出来您图片绿色的图呢?点save也没有反应,感觉不对呢。。

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发表于 Post on 2020-5-5 07:43:05 | 只看该作者 Only view this author
按键盘上的2,点击两个原子进行标记,然后


点save可以导出数据
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-5 01:26:13 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-5-4 08:30
如果不考虑pbc,假设两个原子分别是index 0 和index 3。

然后结果会被输出到0_3_distance.txt

非常感谢您的回复!
请问这是一个脚本吗?还是在VMD里面输入的?要怎么用呢?不是很明白,麻烦您可以再详细解释下吗?感谢!

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发表于 Post on 2020-5-4 08:30:57 | 只看该作者 Only view this author
如果不考虑pbc,假设两个原子分别是index 0 和index 3。
  1. set nframes [molinfo top get numframes]
  2. set sel1 [atomselect top {index 0}]
  3. set sel2 [atomselect top {index 3}]
  4. set ofile [open [$sel1 list]_[$sel2 list]_distance.txt w]
  5. for {set i 0} {$i < $nframes} {incr i} {
  6.   animate goto $i
  7.   puts $ofile [measure bond "[$sel1 list] [$sel2 list]"]
  8. }
  9. close $ofile
复制代码

然后结果会被输出到0_3_distance.txt

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