求助碳纳米管在动力学后不与周围原子进行接触

dmpb · 发表于 Post on 2020-5-20 10:43:53

如题这是为什么呢，在动力学的时候固定了CNT，NVT动力学后发现CNT一定近距离内好像生成了一个保护模，都不与其他周围原子接触

dmpb · 发表于 Post on 2020-5-23 11:26:27

sobereva 发表于 2020-5-23 02:39
上传图片方式不对，仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么传图

贴信息的时候不要把不同内容发到不同回帖里 ...

好的好的了解了抱歉

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-23 02:39:40

dmpb 发表于 2020-5-21 11:25

上传图片方式不对，仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么传图

贴信息的时候不要把不同内容发到不同回帖里，应当在一个回帖里把所有信息都贴出来

我看了你的结构，那不叫什么保护膜，那是因为原子间的范德华势的互斥部分自发导致原子不可能挨得太近，这是正常情况，根本没有什么异常。另外，你的那个结构并不是一般意义的碳纳米管，除非是自己发明的“新型”碳纳米管。

dmpb · 发表于 Post on 2020-5-22 15:40:37

dmpb 发表于 2020-5-22 15:39
那有没有通过其他计算的方法进行推动他们靠近呢这个模型是定形的想要通过后期动力学来使它们靠近呢是 ...

这样计算完以后可不可以计算他们的相互作用能呢？

dmpb · 发表于 Post on 2020-5-22 15:39:20

gswylq 发表于 2020-5-22 12:36
缩小cnt和其他原子的距离，减小真空间距

那有没有通过其他计算的方法进行推动他们靠近呢这个模型是定形的想要通过后期动力学来使它们靠近呢是不是我设置的参数有问题？

gswylq · 发表于 Post on 2020-5-22 12:36:40

缩小cnt和其他原子的距离，减小真空间距

dmpb · 发表于 Post on 2020-5-21 22:59:47

gswylq 发表于 2020-5-21 12:23
Cnt就是难和其他东西成键

是的呀但是我想最起码让他有明显的靠近趋势吧这个怎么进行呢？

gswylq · 发表于 Post on 2020-5-21 12:23:46

Cnt就是难和其他东西成键

dmpb · 发表于 Post on 2020-5-21 11:26:34

具体的设置如下
---- Dynamics parameters ----

Ensemble                      : NVT
Temperature                   : 300.00 K
  Control method             : Nose
  Q ratio                      : 0.0100000
Timestep                      : 0.10 fs
Number of steps                : 800000
Duration                      : 80 ps
Initial velocities             : Random
Forcefield                   : COMPASS (Version 2.8)
Charges                      : Forcefield assigned
Electrostatic terms:
  Summation method             : Ewald
  Accuracy                   : 0.0001 kcal/mol
  Buffer width                : 0.5 A

van der Waals terms:
  Summation method             : Ewald
  Accuracy                   : 0.0001 kcal/mol
  Repulsive cutoff             : 6 A
  Buffer width                : 0.5 A

dmpb · 发表于 Post on 2020-5-21 11:25:06

dmpb · 发表于 Post on 2020-5-21 11:22:52

这是轨迹文件

dmpb · 发表于 Post on 2020-5-21 11:18:16

sobereva 发表于 2020-5-20 22:43
把截图发出来，说清楚具体模拟设置

这是一个xtd文件我上传吧

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-20 22:43:41

把截图发出来，说清楚具体模拟设置

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