求助：怎么样判断分子之间结合的难易程度

李海波 · 发表于 Post on 2020-5-22 12:44:29

请问各位老师，如果我有三个分子ABC，怎么来判断A与B结合和A与C结合哪个更容易呢，可以用结合能来算吗，是不是说结合时释放能量越多，生成物就越稳定呢，但是我又觉着哪里不太对，请各位老师指导一下

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-6-28 12:07:42

冰释之川发表于 2020-6-19 14:34
如果只从热力学角度考虑，就是算结合能；如果还想通过动力学考察，跑一跑MD，看看哪个组合更容易跑散

老师，如果我想知道A B两个分子在氯仿溶液中能否自发的形成复合物的话，是不是也是可以分两步走，从热力学角度考虑，就是算一下结合能，看结合能是否是负值，如果是负值则说明能够自发的形成复合物，如果不是负值则没办法自发的形成复合物
从动力学角度，就是跑一下动力学，看看实际情况下有溶剂参与的情况下能否自发的形成复合物

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-6-19 15:56:46

冰释之川发表于 2020-6-19 15:45
这没有一刀切的数值，容易结合在一起也是相对的

嗯嗯，谢谢您的回答

冰释之川 · 发表于 Post on 2020-6-19 15:45:40

华理小妮发表于 2020-6-19 15:00
嗯嗯，谢谢您的回复，另外我想问一下如果从热力学角度分析，发现结合两分子结合后自由能并没有降低多少， ...

这没有一刀切的数值，容易结合在一起也是相对的

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-6-19 15:00:42

冰释之川发表于 2020-6-19 14:50
结合自由能优先

嗯嗯，谢谢您的回复，另外我想问一下如果从热力学角度分析，发现结合两分子结合后自由能并没有降低多少，是不是说明两个分子不容易相互吸引，一般来说，结合自由能是多少的话说明两个分子比较容易结合到一起呢

冰释之川 · 发表于 Post on 2020-6-19 14:50:55

华理小妮发表于 2020-6-19 14:49
从热力学角度考虑，是算结合能还是结合自由能呢，这两个差别很大，从动力学来说的话，动力学不可以计算结 ...

结合自由能优先

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-6-19 14:49:57

冰释之川发表于 2020-6-19 14:34
如果只从热力学角度考虑，就是算结合能；如果还想通过动力学考察，跑一跑MD，看看哪个组合更容易跑散

从热力学角度考虑，是算结合能还是结合自由能呢，这两个差别很大，从动力学来说的话，动力学不可以计算结合自由能吗

冰释之川 · 发表于 Post on 2020-6-19 14:34:58

华理小妮发表于 2020-6-19 14:29
sober老师，如果我想知道A与B结合和A与C结合哪个更容易，如果分子结构简单的话，可以通过用gaussian软件 ...

如果只从热力学角度考虑，就是算结合能；如果还想通过动力学考察，跑一跑MD，看看哪个组合更容易跑散

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-6-19 14:29:27

sobereva 发表于 2020-5-23 02:14
从热力学角度来说，结合自由能是最严格的判据，结合后自由能下降得越多结合越稳定。如果从动力学角度考察， ...

sober老师，如果我想知道A与B结合和A与C结合哪个更容易，如果分子结构简单的话，可以通过用gaussian软件计算结合后自由能下降多少来说明吗？还是说必须要再结合分子动力学来一起说明

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-23 02:14:07

从热力学角度来说，结合自由能是最严格的判据，结合后自由能下降得越多结合越稳定。如果从动力学角度考察，需要跑分子动力学

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