求助关于使用OPLS力场模拟表面活性剂后的水环境的问题

shenq · 发表于 Post on 2020-5-28 10:10:30

各位老师，我使用了GROMACS模拟了表面活性剂在矿物层间的水环境中的形态，使用了OPLS-AA力场，水分子力场为SPC/E，平衡后，形态如图所示，表面活性剂形成有机聚集体，水分子无法进入其中。
我想请问这样是不是无法正确表示表面活性剂处在水环境中，是否是因为我的力场使用有问题？？

shenq · 发表于 Post on 2020-5-31 14:58:52

diaok 发表于 2020-5-29 12:57
我做的丙醇水都有明显的相界面了，你这个C更长

是的，我这个烷基链有16个碳，

diaok · 发表于 Post on 2020-5-29 12:57:41

shenq 发表于 2020-5-29 09:29
谢谢老师的帮助~~~

我做的丙醇水都有明显的相界面了，你这个C更长

shenq · 发表于 Post on 2020-5-29 09:29:51

sobereva 发表于 2020-5-28 19:11
你的模型设得不合理

表面活性剂的比例太高，这种情况下会形成类似磷脂双分子膜的情况

谢谢老师的帮助~~~

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-28 19:11:36

你的模型设得不合理

表面活性剂的比例太高，这种情况下会形成类似磷脂双分子膜的情况
多加点水，表面活性剂比例相对低一些的话，可能会看到形成一个个囊泡结构
反正不要指望表面活性剂像乙醇似的和水能互溶到一起

shenq · 发表于 Post on 2020-5-28 15:59:13

苏玖染发表于 2020-5-28 15:46
如果按你这个图所示的话，这表面活性剂中间段都是烷烃链，烷烃链本身周围水比较少很正常啊

谢谢你的帮助~我的想法是中段完全没有水分子的存在的话，与我想要模拟的活性剂在水中的实际情况差距有点大，然后我在这种情况下算出来的水分子氧的自扩散系数特别的小，我也考虑是不是这个原因。

苏玖染 · 发表于 Post on 2020-5-28 15:46:03

如果按你这个图所示的话，这表面活性剂中间段都是烷烃链，烷烃链本身周围水比较少很正常啊

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