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[GROMACS] 请问用gromacs 进行模拟需要保证整个体系是电中性吗

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请问用gromacs 进行模拟需要保证整个体系是电中性吗?

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发表于 Post on 2020-6-18 12:10:52 | 只看该作者 Only view this author
取决于你具体以什么方式算静电作用、体系特征等
使用Ewald、PME等方式计算周期性体系静电作用时,盒子应当确保电中性,不符合就加抗衡离子
在隐式溶剂模型下没这个要求,也不是必须加抗衡离子
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发表于 Post on 2020-6-18 10:12:31 | 只看该作者 Only view this author
整体为中性就可以

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-18 09:55:32 | 只看该作者 Only view this author
chw985550192 发表于 2020-6-17 22:30
你可以添加抗衡离子来维持电中性

是不是体系不保证电中性计算就不合理?如果我想探究阴离子和阳离子在孔道中带电的MOF中的输运情况,还是需要给这个带电的MOF添加抗衡离子吗?

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发表于 Post on 2020-6-17 22:30:49 | 只看该作者 Only view this author
你可以添加抗衡离子来维持电中性

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