计算两个分子结合能用什么能量去算

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-6-18 20:41:33

本帖最后由华理小妮于 2020-6-18 21:02 编辑

我想要计算2,4-二氯苯氧乙酸和4-乙烯基吡啶两个分子分别在氯仿和水中的结合能，但是不知道用什么能量去计算，是采用自由能相减还是电子能相减，这两种有什么区别。
首先我是用自由能进行了计算，按照的是sober老师之前发的谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算http://sobereva.com/327,方法基组完全都是按照帖子里面说的，一点都没有变。但是结果发现水中自由能差不大，水中 ΔG为0.001578806a.u. 对应的真空下计算的ΔG为-0.15499a.u.，所以说溶剂效应对体系还是产生了很大的影响，可能是和sober老师说的一样是极性溶剂削弱静电主导的弱相互作用。
但是我纳闷的是为什么在计算氯仿溶剂时， ΔG也不高呢，为-0.0002047a.u.,对应的真空ΔG也不高，为-0.00186a.u.
这样的结果是不是就说明这两个分子形成的复合物在水和氯仿中都不稳定，可不可以说这两个分子在水中和氯仿中都很难结合形成复合物。或者能不能说这其中一个分子对另一个分子在氯仿和水中的吸附能都不高。
顺便说一下，我用单点能计算的时候，两个分子的结合能还是挺高的，氯仿中是13Kcal/mol水中是19Kcal/mol左右,用到的关键词是#p opt freq 6-31+g(d,p) scrf=(solvent=chloroform,pcm) m062x。

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-21 02:57:40

华理小妮发表于 2020-6-18 23:22
sober老师，您说的双分子结合过程熵减小甚巨，那对于三聚体来说呢，熵减少也甚巨吗？

是

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-6-18 23:22:10

sobereva 发表于 2020-6-18 22:33
说结合能哪有用Hartree为单位的，先把单位用合适了再说
自行分析一下分子的溶解自由能、结合过程的溶解自 ...

sober老师，您说的双分子结合过程熵减小甚巨，那对于三聚体来说呢，熵减少也甚巨吗？

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-6-18 22:46:03

sobereva 发表于 2020-6-18 22:33
说结合能哪有用Hartree为单位的，先把单位用合适了再说
自行分析一下分子的溶解自由能、结合过程的溶解自 ...

sober老师，那个基组是在之前的时候还没有看您写的那篇文章的时候用的，看了您写的那篇文章之后就完全按照您文章里面介绍的用自由能去做了，用的基组也是完全按照您发的那个压缩文件中一步步做的，只不过计算结果显示，ΔG很小。我想计算的是溶剂环境下两个分子是否容易结合，将这两个分子随机放到溶剂中时他们形成复合物的难易程度。

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-18 22:33:00

说结合能哪有用Hartree为单位的，先把单位用合适了再说
自行分析一下分子的溶解自由能、结合过程的溶解自由能的变化自然就清楚溶剂效应怎么影响结合了。双分子结合过程熵减小甚巨，-TΔS项对结合自由能有极大影响，这是基本常识。
拿电子能量说事还是自由能说事显然看你想讨论什么。讨论现实中的结合稳定性显然用后者。
我文中明确说了要用SMD，用PCM做什么
贴图时候说清楚图片都对应什么，别让别人猜

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-6-18 22:30:15

snljty 发表于 2020-6-18 22:09
不对，是这么小体系单点能最低也要用3-zeta基组。opt优化后freq为了算热力学校正，应该再在优化后的结构 ...

我知道，这个计算单点能的话基组有点小了，可是我现在的问题是计算两分子在溶剂中的结合能应该用自由能去计算还是单点能，我计算得到的自由能之差非常小，不知道问题出在哪里。

snljty · 发表于 Post on 2020-6-18 22:09:31

华理小妮发表于 2020-6-18 21:28
#p opt freq 6-31+g(d,p) scrf=(solvent=chloroform,pcm) m062x 我知道需要加D3校正，但是我这个构型是静 ...

不对，是这么小体系单点能最低也要用3-zeta基组。opt优化后freq为了算热力学校正，应该再在优化后的结构基础上在更高水平算单点能。这个大小体系跑个3-zeta基组的双杂化泛函完全没问题。请再认真看几遍那篇博文。

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-6-18 21:28:07

snljty 发表于 2020-6-18 21:22
你计算单点能到底用的什么方法水平？

#p opt freq 6-31+g(d,p) scrf=(solvent=chloroform,pcm) m062x 我知道需要加D3校正，但是我这个构型是静电主导的作用力，因此加不加D3影响不是太大。

snljty · 发表于 Post on 2020-6-18 21:22:37

华理小妮发表于 2020-6-18 21:14
那个是我之前计算单点能差的时候用的，sober老师建议我应用自由能计算之后，我就按照他这个帖子里面说的 ...

你计算单点能到底用的什么方法水平？

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-6-18 21:14:24

snljty 发表于 2020-6-18 21:06
你的"用到的关键词"表述不当...

那个是我之前计算单点能差的时候用的，sober老师建议我应用自由能计算之后，我就按照他这个帖子里面说的一步步进行了计算http://sobereva.com/327。但是计算得到的自由能差很小，不光是水中自由能差小，氯仿下的也一样。不知道这个是怎么回事，我之前用单点能计算的时候结合能还强一点，想咨询一下大家。

snljty · 发表于 Post on 2020-6-18 21:06:43

华理小妮发表于 2020-6-18 21:02
我就是这么一步步按照sober老师说的那么做的

你的"用到的关键词"表述不当...

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-6-18 21:04:14

snljty 发表于 2020-6-18 21:00
单点能和结构优化用一个级别就不合适。溶解自由能原理上最好也应该单算。建议再把那篇博文和里面提到的其 ...

sober老师文末有介绍怎么按照四步原则计算隐式溶剂模型下的体系自由能，我是按照那个一步步做的

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-6-18 21:02:23

snljty 发表于 2020-6-18 21:00
单点能和结构优化用一个级别就不合适。溶解自由能原理上最好也应该单算。建议再把那篇博文和里面提到的其 ...

我就是这么一步步按照sober老师说的那么做的

snljty · 发表于 Post on 2020-6-18 21:00:16

华理小妮发表于 2020-6-18 20:50
这个是哪里出了问题，能帮忙指点一下吗？

单点能和结构优化用一个级别就不合适。溶解自由能原理上最好也应该单算。建议再把那篇博文和里面提到的其他博文再一个字一个字看一遍。这个级别算单点能精度太低。

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-6-18 20:50:14

snljty 发表于 2020-6-18 20:45
那个贴子你并没有认真看，认真看了你就不会这么算...

这个是哪里出了问题，能帮忙指点一下吗？

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