oniom提示参数缺失找参数的几个parm.dat文件有区别吗

Lemon-

在oniom参数缺失时，应该去amber里面找，但是parm有好多文件如下提，这几个文件有什么区别吗？是不是只要在相应的文件找到自己所需要的就可以了？还是有什么说法吗？谢谢大家！！

gkxiao

如果你模拟的是生物大分子与小分子的相互作用，生物大部分子部分的参数GaussView自己搞定，小分子部分用AMBERTools生成，这个很简单，在AMBER的官网上有教程。实际上，如果你将小分子部分全部设为High layer（QM区），将它周围的部分氨基酸也设为High layer，其它地方设为low layer（AMBER），那么用ONIOM对力场参数要求不高：因为如果AmberTools也搞不定的参数，只要程序能正确进行计算就可以。力场参数的正确与否并“不”重要了，因为小分子在High layer，采用QM计算，跟力场参数无关。力场参数只要保证QM区与MM区的L-J函数评价正确就可以，这也是OMIOM计算误差来源最大的地方了。

Lemon-

sobereva 发表于 2020-6-22 13:52
对应不同AMBER力场版本。对于Gaussian跑ONIOM用AMBER力场的情况，一般就在parm99.dat里找即可。不过Gaussia ...

懂了 谢谢sob老师

sobereva

对应不同AMBER力场版本。对于Gaussian跑ONIOM用AMBER力场的情况，一般就在parm99.dat里找即可。不过Gaussian内置参数缺失的情况，在这里找一般也没有。