请教xtb-6.3.1的PBC GFN1-xTB使用问题

ghifi37

自从xtb-6.3发布后，据称支持PBC GFN1-xTB的算法。
在编译xtb-6.3.1后，使用GFN0-xTB计算PBC体系是没问题的，就是结果有点不可靠；
改成--gfn 1后，还没开始算就报错了：
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          |                 G F N 1 - x T B                 |
           -------------------------------------------------

        Reference                      10.1021/acs.jctc.7b00118
      * Hamiltonian:
        H0-scaling (s, p, d)           1.850000    2.250000    2.000000
        zeta-weighting                 0.000000
      * Dispersion:
        s8                             2.400000
        a1                             0.630000
        a2                             5.000000
        s9                             0.000000
      * Repulsion:
        kExp                           1.500000
        rExp                           1.000000
      * Coulomb:
        alpha                          2.000000
        third order                    atomic
        anisotropic                    false
      * Halogen bond correction:
        rad-scale                      1.300000
        damping                        0.440000


          ...................................................
          :                      SETUP                      :
          :.................................................:
          :  # basis functions                 692          :
          :  # atomic orbitals                 628          :
          :  # shells                          226          :
          :  # electrons                       688          :
          :  # halogen bonds                     0          :
          :  max. iterations                  1000          :
          :  Hamiltonian                  GFN1-xTB          :
          :  restarted?                      false          :PBC GFN1-xTB
          :  GBSA solvation                  false          :
          :  PC potential                    false          :
          :  electronic temp.          300.0000000     K    :
          :  accuracy                    1.0000000          :
          :  -> integral cutoff          0.2500000E+02      :
          :  -> integral neglect         0.1000000E-07      :
          :  -> SCF convergence          0.1000000E-05 Eh   :
          :  -> wf. convergence          0.2000000E-04 e    :
          :  Broyden damping             0.4000000          :
          ...................................................

iter      E             dE          RMSdq      gap      omega  full diag
###############################################PBC GFN1-xTB#########################
[ERROR] Program stopped due to fatal error
-6- Single point calculation terminated
-5- type_calculator_singlepoint: Electronic structure method terminated
-4- scf: Self consistent charge iterator terminated
-3- scc_core: Diagonalization of Hamiltonian failed
-2- mctc_lapack_sygvd: Failed to solve eigenvalue problem
-1- mctc_lapack_potrf: Factorisation of matrix failed
########################################################################

BTW，直接下编译好的二进制文件也是一样的问题。
请教下用起来PBC GFN1-xTB的网友，有什么要注意的地方吗？

tjuptz

我尝试优化碳酸钙2*2*2超胞，也提示有问题
**** WARNING ****
Cholesky factorization of the overlap failed!
It is possible that there are near linear dependecies in the basis.
Therefore PEEQ will work with an orthogonal basis by using
canonical orthogonalization.
**** WARNING ****
最后是规定cycles内不收敛

ghifi37

我换了体系就可以正常进行了，估计还是GFN1的普适性不够！
不管怎么说，PBC总算又多了个选择！

ghifi37

顺便提醒下使用新版本的网友，xtb虽然在-h中还有 --periodic的使用，但号称已不用了，但真用了也不报错。周期性由输入文件来判断。
awvwgk commented 4 days ago
The --periodic option has been removed from xtb, it should be invoked as --gfn 0 instead as the detection of the boundary conditions only relies on the geometry input.