求助：使用antechamber计算CRO部分电荷和原子类型的问题

caroline

在做官网的tutarial B5时，进行到第二部分计算CRO的部分电荷和原子类型时，遇到了问题。
在运行antechamber -fi ccif -i CRO.cif -bk CRO -fo ac -o CRO.ac -c bcc -at amber时报错：
Welcome to antechamber 20.0: molecular input file processor.

acdoctor mode is on: check and diagnose problems in the input file.
/home-ys/users/YS_yangyf/jly/Softwares/Amber/amber20/bin/wrapped_progs/antechamber: Fatal Error!
Residue (CRO) has a type of LINKING.

于是我就将CRO.cif 中的带有linking那一行删掉了。在运行相同的命令时，就发生如下报错：
Welcome to antechamber 20.0: molecular input file processor.

acdoctor mode is on: check and diagnose problems in the input file.
antechamber: /home-ys/users/YS_yangyf/jly/Softwares/Amber/amber20_src/AmberTools/src/antechamber/mmcif.c:70: rmmcif: Assertion `col2 >= 0' failed.
/home-ys/users/YS_yangyf/jly/Softwares/Amber/amber20/bin/antechamber: line 9: 18349 Aborted                 $AMBERHOME/bin/wrapped_progs/antechamber "$@"

于是我就对amber20_src/ambertools/src/antechamber 中的mmcif.c中的第68行使用//对该段进行注释，然后并在该目录下使用make install 重新安装antechamber。但又出现了报错：
Makefile:3: ../config.h: No such file or directory
make: *** No rule to make target `../config.h'.  Stop.

因为我不是很会在linux系统下进行软件的安装，不知道该怎么重新安装antechamber？
那还有没有其他方法可以解决在计算CRO这个非标准残基进行部分电荷和原子类型中遇到的问题呢？我也附上了最初的CRO.cif文件
以及被我修改过的CRO_f.cif文件

caroline

sobereva 发表于 2020-6-29 19:02
别用cif就完了，用mol2、pdb之类的标准分子结构记录格式

好的，谢谢老师

sobereva

别用cif就完了，用mol2、pdb之类的标准分子结构记录格式