求助有机小分子的结构文件应该从哪里下载

zhangzh · 发表于 Post on 2020-7-1 18:05:31

我需要建立一些生物膜和囊泡体系，请问一下固醇和磷脂分子有没有相关的数据库，可以下载到pdb或者xyz的结构文件呢？好像RCSB只能找到蛋白质等大分子的

非好汉 · 发表于 Post on 2023-9-25 09:56:50

sobereva 发表于 2023-9-25 01:48
说清楚具体怎么生成拓扑文件
诸如sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GROMACS的GAFF力场的拓 ...

老师，使用的ligpargen生成的拓扑文件

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-25 01:48:25

非好汉发表于 2023-9-25 00:01
老师，我想请问一下，我在pubchem下载了乙酸分子的sdf文件，然后用openbabel转成mol文件，是否可以直接用 ...

说清楚具体怎么生成拓扑文件
诸如sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GROMACS的GAFF力场的拓扑文件，只依赖于连接关系，是否优化不影响结果。但如果还用Multiwfn算RESP原子电荷，需要基于优化后的结构的波函数算，下文的脚本里自带了优化步骤
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476

非好汉 · 发表于 Post on 2023-9-25 00:01:17

sobereva 发表于 2020-7-1 19:45
普通有机分子去pubchem、spiderchem搜，里面有的结构是自动根据二维结构产生的，如果在CCDC等库里有晶体结 ...

老师，我想请问一下，我在pubchem下载了乙酸分子的sdf文件，然后用openbabel转成mol文件，是否可以直接用mol文件去生成拓扑文件，还是需要优化一下呢？

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-7-1 20:39:34

http://www.charmm-gui.org/?doc=input/membrane.bilayer

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-1 19:45:45

普通有机分子去pubchem、spiderchem搜，里面有的结构是自动根据二维结构产生的，如果在CCDC等库里有晶体结构，页面上也会有提示，届时可考虑用晶体结构（但要注意晶体环境和溶液环境的差异对柔性分子构象影响可能很明显）
至于固醇和磷脂分子，去看膜力场原文或相关站点，里面经常提供了，例如http://www.fos.su.se/~sasha/SLipids/Downloads.html。

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