Gaussian 09中用冗余内坐标进行Relaxed Scan的操作顺序问题

stecue

在Gaussian 03中，可以用冗余内坐标方便的进行relaxed scan，比如

1. D 1 3 4 6 0.000000 S 12 15.000000

复制代码

就是对1,3,4,6原子形成二面角进行从0到180度的扫描。

但是我发现G09（至少是从G09 C.01开始），如果指定了冗余内坐标的初始值，这个坐标就自动变成了"B"类型而不会被扫描。所以我就定义了两个冗余内坐标操作如下：

1. 
   
2. D 1 3 4 6 0.0 B
   
3. D 1 3 4 6 S 12 15.000000
   

复制代码

也就是先显式的指定初值，然后再扫描。结果倒是是对的，但是现在Gaussian 09的冗余内坐标说明少了很多，不知道这样对同一内坐标的多个操作有没有官方文档支持呢？多行内坐标输入是不是真就是按照输入顺序执行的呢？

laoman

laoman 发表于 2017-9-5 00:59
参考手册的说法，我用的G09 B01，如果想对A原子从B原子处断键，并向C原子靠近和成键的势能面，不确定是不 ...

不好意思，今天才觉得这个问题太白痴了，明明自己试一下就可以了
第一行的R应该放在右边：

1. 36 68 R
   
2. B 1 68 2.84060 S 18 -0.100

复制代码

laoman

sobereva 发表于 2015-10-1 06:07
看了下当前版本的手册，确实手册里已经把初值设定给取消掉了，D 1 3 4 6 5.0 B这种输入按照当前的手册
[Ty ...

参考手册的说法，我用的G09 B01，如果想对A原子从B原子处断键，并向C原子靠近和成键的势能面，不确定是不是该这样写：

1. R 36 68
   
2. B 1 68 2.84060 S 18 -0.100

复制代码

我理解是先删掉36和68的成键信息，然后再让68号原子向1号靠近并成键。给定的初始距离就是起始构象里面这俩原子的距离。一开始我没有加删除键信息的一行，opt=modredundant的扫描失败了，1 和 68的距离减小到1.7左右就不继续减小了，确定没有其他错误，能量曲线一直在增大。。。

stecue

高斯的代码管理有时也实在是奇怪。比如RESP的代码居然在G09B中就被“无意”删掉了……


管理员2019-May-15注：G09本身没有计算RESP电荷的代码，只不过有导出分子表面特定的点的静电势数据的代码。想算RESP电荷的话直接用fch文件给Multiwfn程序算即可，非常方便，见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

sobereva

看了下当前版本的手册，确实手册里已经把初值设定给取消掉了，D 1 3 4 6 5.0 B这种输入按照当前的手册
[Type] N1 [N2 [N3 [N4]]] B [[min] max]]
已经不合法了，不过可能是为了兼容性或者代码没改干净而依然能这么用。对当前版本就姑且这么用吧。

stecue

sobereva 发表于 2015-10-1 04:19
调换一下这两行的顺序，如果结果不一致，就说明和顺序有关
客服最清楚这点

换了一下似乎确实与输入顺序无关，比如写成这样

1. D 1 3 4 6 S 12 15.000000
   
2. D 1 3 4 6 5.0 B
   

复制代码

结果就从5°开始扫描了。

不知道G09D.01是不是也这样。客服说

1. D 1 3 4 6 5.0 B

复制代码

这种格式从G09C.01开始就不支持了，但是至少我们这里的版本还能用。

sobereva

调换一下这两行的顺序，如果结果不一致，就说明和顺序有关
客服最清楚这点

liyuanhe211

之前查阅过这个问题。

G09 D.01 Release Note:

Specifying an initial value for a defined coordinate is no longer supported in Opt=ModRedundant input. Instead, the input
structure should be modified to reflect the desired initial value and the input value omitted from the coordinate definition.

按照这个说法除此以外，其他应该是不变的。
做原来那种Relaxed scan，在D.01里我一般会跑一步Freeze你想要初值的的Opt，然后跑Scan。不知是否合适。