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[GROMACS] gromacs在做能量最小化的时候,跑着跑着就停了

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      本人初学GMX,想请教一下各位老师,gromacs在做能量最小化的时候,跑着跑着就停了,偶尔能跑出来;体系是有机小分子-AlCl3-CuCl,力场是OPLS/AA-M。分子经过高斯优化过,部分itp文件为自建;用packmol建的盒子,把分子数量缩小十倍可以轻松跑出来

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发表于 Post on 2020-7-12 08:08:34 | 只看该作者 Only view this author
说明极小化并未充分完成。如果之后动力学可以正常跑,可以无视此提示。如果动力学不能正常跑,或者由于之后要做振动分析目的而需要准确的极小化结果,则可尝试使用不同优化算法、优化参数,或者双精度版本。此问题亦有可能是拓扑文件不合理所致。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-7-12 08:02:26 | 只看该作者 Only view this author
你这种贴图方式不仅严重浪费论坛空间,别人还特别不方便观看
之所以论坛不允许直接上传那么大的jpg文件是因为此时图片明显像素过大,根本毫无必要
以后上传图片之前先把图片像素调合适了。你这张照片用几百KB的1200*750左右大小的图片就完全足够让别人看清楚了,你却直接把高达4.82MB的4000*3000的原图发了出来。

我已经把你的图片文件删了,如果要重新发,先把像素调整合适了,重新编辑原帖上传图片
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