带电氢键在水中结合能的计算问题

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-7-13 19:21:54

老师们好，我想用Gaussian09软件计算两个有机分子（2，4-二氯苯氧乙酸、乙烯基苯硼酸）在水中的结合单点能，这两个分子之间的主要作用力是一种带电的氢键，两个分子之间的结合示意图在下面给出来了，我想知道采用基组的话一定要加弥散函数吗，我优化的时候用的关键词是#P B3LYP/6-311G* em=GD3BJ opt freq scrf(SMD,solvent=water)，计算单点能的时候的关键词是#P B2PLYPD3/def2TZVP scrf(SMD,solvent=water).

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-9 04:18:53

华理小妮发表于 2020-8-6 14:22
我这边水没有参与反应，但是由于A-、B+都带净电，静电相互作用很强，理应在水中这两个分子能结合到一起。 ...

极性溶剂极大地屏蔽掉静电作用，如果结合焓不能做到特别负，根本没法抵消-T*deltaS给结合自由能带来的增加

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-9 04:18:05

li447fan 发表于 2020-8-7 14:55
虽然知道量化里面的情况与显示的键数量无关，但是因为在跑反应分子动力学的时候，发现也有这种不正常的键 ...

仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-8-7 15:09:32

li447fan 发表于 2020-8-7 14:55
虽然知道量化里面的情况与显示的键数量无关，但是因为在跑反应分子动力学的时候，发现也有这种不正常的键 ...

分子动力学里面的键类型是你在文件里设置的，跟显示没关系
如果你说GaussView里面，Tools -> Custom Bonding Parameters里面自己设置，论坛里面就有这种帖子我都答了好几次了。

li447fan · 发表于 Post on 2020-8-7 14:55:01

chemhou 发表于 2020-8-7 14:48
你自己都说了，是“显示”而已

虽然知道量化里面的情况与显示的键数量无关，但是因为在跑反应分子动力学的时候，发现也有这种不正常的键显示，所以感到略微有些困惑，想要知道这个成键显示是在哪里设置的

chemhou · 发表于 Post on 2020-8-7 14:48:46

li447fan 发表于 2020-8-7 14:43
想要问个小白问题，苯氧乙酸羧基的C为啥显示连了5个键，没有问题吗

你自己都说了，是“显示”而已

li447fan · 发表于 Post on 2020-8-7 14:43:59

想要问个小白问题，苯氧乙酸羧基的C为啥显示连了5个键，没有问题吗

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-8-6 16:56:46

华理小妮发表于 2020-8-6 14:22
我这边水没有参与反应，但是由于A-、B+都带净电，静电相互作用很强，理应在水中这两个分子能结合到一起。 ...

在水里，Na+和Cl-也带净电，而且比这种弱酸碱净的多，然并卵。。。。。
所以极性很大的溶剂对于静电作用的削弱有多明显自己想就好了

chemhou · 发表于 Post on 2020-8-6 16:42:14

sobereva 发表于 2020-7-15 09:09
我不知道你用E(AB)-E(A)-E(B)算结合能时怎么选取的A、B单体状态。
当前情况下羧基的质子已经明显转移到 ...

这样涉及到质子转移的体系简单的这样选取单体状态其实并不太合适。
我认为从起始状态来出发较为合理。
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jacs.7b05964
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpclett.9b02663

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-8-6 14:22:34

喵星大佬发表于 2020-8-6 13:39
结合过程中需要水直接参就要在加了显示水以后用隐式溶剂模型，如果没有固定的水参与加了也没用

我这边水没有参与反应，但是由于A-、B+都带净电，静电相互作用很强，理应在水中这两个分子能结合到一起。但是算出来的结合自由能为正值，说明水环境下这两个分子结合不到一起，感觉和实际情况不一样呢。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-8-6 13:39:05

华理小妮发表于 2020-8-6 10:41
sober老师，这种静电相互作用是不是需要用显式溶剂模型啊，隐式溶剂模型算出来的结合能不是很大

结合过程中需要水直接参就要在加了显示水以后用隐式溶剂模型，如果没有固定的水参与加了也没用

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-8-6 10:41:25

sobereva 发表于 2020-7-16 10:48
由于A-、B+都带净电，静电相互作用很强，算出来比上面那两个羧基靠氢键作用更强是正常的事

sober老师，这种静电相互作用是不是需要用显式溶剂模型啊，隐式溶剂模型算出来的结合能不是很大

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-7-19 18:47:58

myzpku 发表于 2020-7-19 05:38
如果你想计算溶剂相的结合能，这应该就是正确的计算方法，溶剂对静电作用的屏蔽是correct physics没有必 ...

好的，谢谢您的回复

myzpku · 发表于 Post on 2020-7-19 05:38:12

华理小妮发表于 2020-7-18 10:31
那用什么方法能够尽量将这个影响降低呢

如果你想计算溶剂相的结合能，这应该就是正确的计算方法，溶剂对静电作用的屏蔽是correct physics没有必要消除。其它文献中计算出的带电氢键相互作用能较高很可能是没有考虑溶剂化作用

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-7-18 10:31:22

myzpku 发表于 2020-7-17 09:59
算出的结合能较小也有可能是溶剂化的影响，隐式溶剂模型对分子相互作用很大的一个影响就是屏蔽静电相互作 ...

那用什么方法能够尽量将这个影响降低呢

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