求助：关于在Gromacs中使用wall

Annie1024 · 发表于 Post on 2020-7-20 09:00:49

本帖最后由 Annie1024 于 2020-7-21 09:01 编辑

大家好！

我是GROMACS新手，因为GROMACS可以设置XY方向的周期性边界条件所以尝试一下GROMACS。
我想要在martini 2.2的力场下模拟膜蛋白，并设置细胞膜内和细胞膜外不同的环境，因此想使用XY方向的周期性边界条件。

查看了手册，搜索了相关的问题，还是不理解wall的原子类型和密度应该怎样设置。
自己尝试了一下使用以下参数，可以运行动力学...但还是觉得不太对，比如BP4设置为wall原子类型,还有对应的密度...

请问在wall的相关参数设置时，以下设置（像wall_r_linpot，wall_atomtype，wall_density）可以吗？

......

cutoff-scheme          = Verlet
nstlist                      = 20
ns_type                   = grid

pbc                         = xy
ewald_geometry       = 3dc
nwall                      = 2
wall_type                = 10-4
wall_r_linpot             = -1
wall_atomtype          = BP4 BP4
wall_density             = 1 1
wall_ewald_zfac       = 3
verlet-buffer-drift       = 0.005

coulombtype             = reaction-field
rcoulomb                = 1.1
epsilon_r                   = 15 ; 2.5 (with polarizable water)
epsilon_rf                = 0
vdw_type                = cutoff
vdw-modifier             = Potential-shift-verlet
rvdw                      = 1.1

tcoupl                      = v-rescale
tc-grps                   = Protein Other
tau-t                      = 1.0 1.0
ref-t                         = 310 310
continuation             = yes
gen-vel                   = no
Pcoupl                   = parrinello-rahman
Pcoupltype             = semiisotropic
tau-p                      = 12.0
compressibility       = 3e-4 0
ref-p                      = 1.0 1.0

...谢谢！

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-2-22 05:49:07

chenzikang715 发表于 2024-2-21 19:31
请问楼主wall-type如何选择呢

对于楼主的问题来说，应该建立两层膜并用三维周期性边界条件，想研究浓度梯度的例子扩散也可以用在z方向特定区域对选定的离子加外势的方法去做，即使用gromacs的计算电生理学相关设置，而不是去用Wall。

至于用Wall的情况就用12-6形式的就行，也不用设置wall粒子密度

chenzikang715 · 发表于 Post on 2024-2-21 19:31:01

请问楼主wall-type如何选择呢

吹梦到西洲 · 发表于 Post on 2023-10-20 20:32:41

Annie1024 发表于 2020-7-20 11:57
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

楼主你好，请问您的问题解决了吗我也遇到了类似的问题，PBC=XY加了wall以后体系不大正常或者您后来是怎么解决的呢

昊彦祖 · 发表于 Post on 2020-7-23 10:39:33

sobereva 发表于 2020-7-23 00:17
1 想加也能加，程序上并不冲突，但如果你在实际中发现出现诡异的现象，比如奇异的震荡、压力异常等，还是 ...

感谢sob答疑

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-23 00:17:26

昊彦祖发表于 2020-7-22 15:30
谢谢老师，还有问题想请教一下：
1.用p-r控压时是不是不能对体系施加限制啊，得切换成berendsen控压再加 ...

1 想加也能加，程序上并不冲突，但如果你在实际中发现出现诡异的现象，比如奇异的震荡、压力异常等，还是改用比较简单的berendsen

2 产生不了严格正确的系综”其实在实际中根本不是什么显著问题，要不是考虑到有些审稿人喜欢对这个细节叽叽歪歪吹毛求疵，我就让学员从始至终都用berendsen了。

昊彦祖 · 发表于 Post on 2020-7-22 15:30:51

sobereva 发表于 2020-7-21 22:12
如果没有外压或者其它什么原因驱动的话，有波动才正常

谢谢老师，还有问题想请教一下：
1.用p-r控压时是不是不能对体系施加限制啊，得切换成berendsen控压再加refcoord-scaling
2.现在的离子通道模拟使用berendsen控压还合适吗，您培训时说产生相用这个产生不了严格正确的系综，我新手上路，也拿不准，文献里用啥的都有

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-21 22:12:17

昊彦祖发表于 2020-7-21 18:05
sob老师，做离子通道模拟时，许多文献中跑出的离子运动轨迹（z坐标变化）都很直，在结合位点间的位移也很 ...

如果没有外压或者其它什么原因驱动的话，有波动才正常

昊彦祖 · 发表于 Post on 2020-7-21 18:05:08

sobereva 发表于 2020-7-20 11:27
何必用XY周期边界条件。膜体系用semiisotropic控压，三维周期性体系才是常规做法

sob老师，做离子通道模拟时，许多文献中跑出的离子运动轨迹（z坐标变化）都很直，在结合位点间的位移也很明显，但自己跑的话轨迹波动很大，曲线弯弯曲曲。但文献中也没有说是否加位置限制之类的。请问这是我自己模拟的问题吗（不知道该咋问）

Annie1024 · 发表于 Post on 2020-7-20 11:57:29

sobereva 发表于 2020-7-20 11:27
何必用XY周期边界条件。膜体系用semiisotropic控压，三维周期性体系才是常规做法

感谢sob老师，我想模拟细胞膜外和细胞膜内离子浓度不同的情况。在细胞外侧、内侧添加不同种类和浓度的离子来模拟离子穿过离子通道的行为...

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-20 11:27:44

何必用XY周期边界条件。膜体系用semiisotropic控压，三维周期性体系才是常规做法

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