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[GROMACS] 关于gromacs中constraints选择的问题

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新手上路,了解到社长极力不推荐all-bonds,但还是斗胆问一下all-bonds、h-bonds、none这三种constraints区别是什么,在何种情况下该选择哪种。有时候用h-bonds跑md模拟系统会崩溃但是改成all-bonds就跑通了,不知道是因为什么原因。
同时想确认一下Gromacs是否可以表示羟基(-OH)中H被离子所取代。



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发表于 Post on 2024-6-3 23:39:49 | 只看该作者 Only view this author
肥力丝 发表于 2024-6-3 23:06
请问老师,我之前md的设置中constraints是all-bonds,因为系统出现lincs警告,我改成了h-bonds,请问这对 ...

本来就不应该用all-bonds,论坛里我说过很多次,北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt也说了:


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-6-3 23:06:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-22 13:55
“用h-bonds跑md模拟系统会崩溃但是改成all-bonds就跑通了”没有任何可正当解释的原因,纯粹是巧合罢了
al ...

请问老师,我之前md的设置中constraints是all-bonds,因为系统出现lincs警告,我改成了h-bonds,请问这对结果会有什么影响吗?之前的数据还有参考价值吗,数据还可以用吗,诚盼老师的解答!!

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发表于 Post on 2023-12-3 13:59:19 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2023-12-3 01:50
用all-bonds还是hbonds主要看力场的开发者怎么做的参数
比如Amber/charmm/opls/gromos力场开发的时候就是 ...

您好,请问那GAFF是否也是和Amber力场一样也是由限制H-bonds产生的呢,这个我查了好多地方没找到具体的答案,请您赐教。

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发表于 Post on 2023-12-3 13:58:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-3 00:54
此时跟H有关的化学键的键伸缩势对势能的贡献就不存在了。总势能会更小

感谢老师回复,明白啦!

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喵星人

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发表于 Post on 2023-12-3 01:50:55 | 只看该作者 Only view this author
用all-bonds还是hbonds主要看力场的开发者怎么做的参数
比如Amber/charmm/opls/gromos力场开发的时候就是用的hbonds做的参数,跟H有关的力常数基本就是随便找了个值
而有些比如kbff力场,根本就没有键伸缩参数,跑MD必须allbonds,再比如gromos54a8_v1的膜参数,开发的时候明确告诉你allbonds,这些时候最好老老实实按照力场开发者的要求做

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发表于 Post on 2023-12-3 00:54:11 | 只看该作者 Only view this author
liu840397562 发表于 2023-12-2 21:48
sob老师,请问加了constraints=h-bonds后会对其势能项的键伸缩势能有影响吗?是否加了这个算出来的势能会 ...

此时跟H有关的化学键的键伸缩势对势能的贡献就不存在了。总势能会更小
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发表于 Post on 2023-12-2 21:48:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-23 00:11
一方面是gmx hbond可以给出定量统计,另一方面可以在VMD里用H-bond的drawing method,根据你设的阈值将氢 ...

sob老师,请问加了constraints=h-bonds后会对其势能项的键伸缩势能有影响吗?是否加了这个算出来的势能会小一些?

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发表于 Post on 2022-12-6 13:48:05 | 只看该作者 Only view this author
霍元甲 发表于 2022-12-6 13:44
借楼,如果限制了h-bonds是让与氢有关的键都是固定的,会有什么额外的影响吗?比如蛋白质的各种极性、非 ...

对实际问题的研究没有可查觉的影响
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发表于 Post on 2022-12-6 13:44:24 | 只看该作者 Only view this author

借楼,如果限制了h-bonds是让与氢有关的键都是固定的,会有什么额外的影响吗?比如蛋白质的各种极性、非极性或者芳香族、脂肪族的残基的表现会不会有什么不同?

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发表于 Post on 2020-7-25 14:22:38 | 只看该作者 Only view this author

谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2020-7-24 07:46:28 | 只看该作者 Only view this author
jimulation 发表于 2020-7-23 10:08
请问如果把含H的键约束成刚性后,原理上有没有可能影响氢键的形成呢?(比如采用刚性水和柔性水)

不会有影响
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发表于 Post on 2020-7-23 10:08:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-23 00:09
毫不影响你分析氢键

请问如果把含H的键约束成刚性后,原理上有没有可能影响氢键的形成呢?(比如采用刚性水和柔性水)

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发表于 Post on 2020-7-23 00:11:22 | 只看该作者 Only view this author
孙宝刚 发表于 2020-7-22 15:27
想请教前辈一下,怎么确认分子间生成了氢键。根据什么分析的呢。

一方面是gmx hbond可以给出定量统计,另一方面可以在VMD里用H-bond的drawing method,根据你设的阈值将氢键显示出来。另外对于单帧,也可以用Multiwfn做promolecular近似的RDG或IGM分析,可以直观展现氢键作用区域
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发表于 Post on 2020-7-23 00:10:24 | 只看该作者 Only view this author
孙宝刚 发表于 2020-7-22 15:23
谢谢老师指点,“top文件中的是用谐振势表示的限制,一旦定义constraints = all-bonds [ bonds ]中所有键 ...

正确
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