MS for Linux CASTEP模块怎样实现两个节点并行计算呢？是需要修改安装路径下的吗？

如遇古剑

大家好！我想请教大家一个问题，还请大家指点一下，不胜感激！
是这样的：我向服务器上面安装的MS提交一个计算任务，一个节点计算不了，想用两个节点计算，我在PBS脚本里面写的代码是：#PBS -l nodes=2:ppn=48或者是#PBS -l nodes=node5:ppn=48+node6:ppn=48。这样写代码不会报错，出现的问题是节点5可以load 48个核，而node 6一直都是load 0，这是为什么呢？需要怎样设置才可以实现CASTEP的并行计算呢？是不是需要修改安装路径下的某个文件呢？

小张要努力

小张要努力 发表于 2023-9-25 21:28
楼主，能求一份MS的运行脚本吗？救救孩子吧！我的邮箱.楼里的脚本我用着有问题

#!/bin/sh -f
#PBS -N job
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=1:ppn=24  
#PBS -l walltime=480:00:00
#PBS -j oe
#PBS -V

#上面这些信息根据自己情况改

cd $PBS_O_WORKDIR

seedname="fe100"  #引号里面的是文件名
#cat $PBS_NODEFILE  > machines.LINUX
#export DSD_MachineList=$PBS_O_WORKDIR/machines.LINUX
export DSD_NumProc=24

/home/zxj/BIOVIA/MaterialsStudio19.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np $DSD_NumProc $seedname  #这个需要改一下路径就行

#其他的不需要改
这个是到网上找到了，可以提交，给大家一个参考

小张要努力

楼主，能求一份MS的运行脚本吗？救救孩子吧！我的邮箱1160171521@qq.com.楼里的脚本我用着有问题

ldx022

pwzhou 发表于 2023-8-19 15:15
指定了也是单核运行的，其他几个核都空着浪费了，程序没有实现的是功能和你提交作业的方式是没有关系的。

好的 谢谢

pwzhou

ldx022 发表于 2023-8-19 14:04
但是如果再电脑window下面直接run的话，是可以指定核数的

指定了也是单核运行的，其他几个核都空着浪费了，程序没有实现的是功能和你提交作业的方式是没有关系的。

ldx022

pwzhou 发表于 2023-8-19 13:50
这个是没有办法的，本身程序不支持二阶导数的并行，那就只能用串行了。

但是如果再电脑window下面直接run的话，是可以指定核数的

pwzhou

ldx022 发表于 2023-8-18 22:57
朋友你好，模仿你的方式运行GULP.exe，但是不管怎么回事gout文件总是会报错：

!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! ...

我没用过GULP

pwzhou

ldx022 发表于 2023-8-18 19:56
请问老师，初次用MS在linux下面交作业，想在linux上在LSF作业集群上运行GULP，如果用多个核并行会出现报 ...

这个是没有办法的，本身程序不支持二阶导数的并行，那就只能用串行了。

ldx022

pwzhou 发表于 2020-8-10 09:56
RunCASTEP.sh是MS自带的脚本，会调用很多东西，我给你的脚本就是直接绕过这个脚本，用mpirun运行，使用ma ...

朋友你好，模仿你的方式运行GULP.exe，但是不管怎么回事gout文件总是会报错：

!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
!! ERROR : could not open library file = catlow                                                                          
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!


Program terminated by processor     0 in          setlib

我交作业的脚本关于一些变量的设置如下：

1. export MS_INSTALL_ROOT=/share/apps/Accelrys/MaterialsStudio8.0
   
2. export MPIRUN=$MS_INSTALL_ROOT/bin/mpirun
   
3. export GULP=$MS_INSTALL_ROOT/bin/gulp.exe
   
4. export I_MPI_ROOT=$MS_INSTALL_ROOT
   
5. export PATH=$MS_INSTALL_ROOT/bin:$PATH
   
6. #export PATH=$MS_INSTALL_ROOT/bin:$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/etc/GULP/bin:$MS_INSTALL_ROOT/share/bin
   
7. export LD_LIBRARY_PATH=$MS_INSTALL_ROOT/lib:$LD_LIBRARY_PATH
   
8. export MSI_LIC_PACK_DIR=/share/apps/Accelrys/LicensePack
   
9. export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MSI_LIC_PACK_DIR/linux/lib
   
10. export LD_LIBRARY_PATH=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Nanotech/GULP:$LD_LIBRARY_PATH
    
11. export LIBRARY_PATH=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Nanotech/GULP:$LIBRARY_PATH
    
12. #export PSPOT_DIR=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep/Potentials
    
13. export PSPOT_DIR=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Nanotech/GULP
    
14. #export GULP_LIBRARY_PATH=/share/apps/Accelrys/MaterialsStudio8.0/share/Resources/
    
15. 
    
16. #力场的目录/share/apps/Accelrys/MaterialsStudio8.0/share/Resources/Nanotech/GULP

复制代码

执行的命令是：$MPIRUN -machinefile hosts.txt -np $NPROCS $GULP ${INPUT_FILE}

试了很多方式都以失败告终，望大佬解答！感激不尽

ldx022

pwzhou 发表于 2020-8-10 10:00
环境变量大同小异，这个是18.1版本的环境变量，根据实际情况改一下即可。

请问老师，初次用MS在linux下面交作业，想在linux上在LSF作业集群上运行GULP，如果用多个核并行会出现报错：!! ERROR : second derivatives unavailable in parallel，只能用1个核，请问这个要怎么解决呢？我看老师您的帖子里是直接使用的castepexe.exe可执行文件来绕过RunCASTEP.sh脚本，但是对于GULP来讲并没有GULP这个exe文件，请问这种情况下应该怎么办呢？

如遇古剑

pwzhou 发表于 2020-9-14 20:33
在mpirun的后面加入如下参数：
-env I_MPI_FABRICS tcp

谢谢老师！

如遇古剑

pwzhou 发表于 2020-9-14 20:33
在mpirun的后面加入如下参数：
-env I_MPI_FABRICS tcp

非常感谢老师的指点，非常感谢！
我不是为了计算快，主要是因为计算量太大了，一个节点计算不了。非常感谢老师！冒昧再向老师请教一下，就是我安装的MS不生成.check文件是哪里的设置问题呢？

pwzhou

如遇古剑 发表于 2020-9-14 20:26
感谢老师的回复，我们这个服务器没有IB交换机，是通过千兆网进行通信的，这种情况请改怎么弄呢？

在mpirun的后面加入如下参数：
-env I_MPI_FABRICS tcp

没有IB卡跨节点计算未必会比单节点快

如遇古剑

abin 发表于 2020-9-14 19:42
MPI驱动相关问题。

你用的MPI认为，它找到了IB卡。

感谢老师的回复，我们的服务器没有IB卡，应该修改哪个文件呢？

如遇古剑

pwzhou 发表于 2020-9-14 20:00
跨节点并行默认调用IB卡，你这个机器是不是没有Infiniband网络？

感谢老师的回复，我们这个服务器没有IB交换机，是通过千兆网进行通信的，这种情况请改怎么弄呢？