对体系中的离子进行位置限制问题

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-8-10 22:03:48

我想对体系中的的一个Ni2+离子和两个CL-离子进行位置限制，使用gmx make_ndx对Ni与CL建立了索引组，用gmx genrest产生位置限制，但是进行npt模拟时出现如下报错，请老师指点。ions.itp与ffnonbond.itp对Ni增加的参数如下。

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-12 07:37:12

孙宝刚发表于 2020-8-11 08:52
对离子进行限制是要用ions.itp里面的序号吗。但是在ions.itp中所有离子的序号都为1，该怎么选择呢。

所以你就只能写1

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-8-11 08:52:32

sobereva 发表于 2020-8-11 06:47
position_restraint字段里的原子序号是对于它上面的moleculetype里面的原子序号而言的，而不是全局的序号
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对离子进行限制是要用ions.itp里面的序号吗。但是在ions.itp中所有离子的序号都为1，该怎么选择呢。

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-11 06:47:09

position_restraint字段里的原子序号是对于它上面的moleculetype里面的原子序号而言的，而不是全局的序号

另外，做这个限制意义不明。如果是维持它们的距离，不应当做位置限制，而是做距离限制

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[GROMACS] 对体系中的离子进行位置限制问题