gromacs可以进行光谱方面的计算吗？如果可以，可以分析哪些光谱信息呢？

邱美佳 · 发表于 Post on 2020-8-13 18:51:39

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-14 08:58:16

VMD自带了extensions - analysis - IR Spectra calculation，用之前，除了轨迹外还需要把原子电荷信息读入VMD，参考
将GROMACS的原子电荷信息读入VMD的方法
http://sobereva.com/365（http://bbs.keinsci.com/thread-5417-1-1.html）

SherryLiu · 发表于 Post on 2020-8-14 06:18:59

Infrared and Raman spectra; VCD and ROA spectra 好像都可以算，得到pdb的轨迹，然后可以Travis进行分析.
Travis文章: https://aip.scitation.org/doi/pdf/10.1063/5.0005078

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-8-13 20:43:40

光谱这个词太大了，你要做什么光谱？
分子力学方法只能做振动光谱，而且准确度堪忧，电子光谱则是完全做不了。

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