NPT模拟压力不收敛

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-8-16 22:05:40

我做了1ns的NPT但是压力还是没有收敛，平均值在600左右不知道哪里的问题。mdp文件的压力设置为：
; Pressure coupling is on
pcoupl                = Berendsen    ; Pressure coupling on in NPT
pcoupltype             = semiisotropic          ; uniform scaling of box vectors
tau_p                = 10                ; time constant, in ps
ref_p                = 1.0 1.0                ; reference pressure, in bar
compressibility       = 0    4.5e-5             ; isothermal compressibility of water, bar^-1
refcoord_scaling       = com

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-17 08:40:57

孙宝刚发表于 2020-8-17 08:29
我做的是XY平面面积保持不变，在z向压缩。不是应该把侧向压缩系数设为0吗，还是怎么设置呢，请老师指点。

你设置为0显然就不能拿各个方向的平均压力说事，你当前只能期望z方向的平均压力约为1.0

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-8-17 08:29:41

sobereva 发表于 2020-8-17 08:21
侧向可压缩系数为0，相当于侧向都没有令控压生效，怎么可能让平均值收敛到你期望的值？

我做的是XY平面面积保持不变，在z向压缩。不是应该把侧向压缩系数设为0吗，还是怎么设置呢，请老师指点。

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-17 08:21:58

侧向可压缩系数为0，相当于侧向都没有令控压生效，怎么可能让平均值收敛到你期望的值？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] NPT模拟压力不收敛