求助关于通用力场的理解

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2020-8-20 08:25:52

我们在模拟中最核心的部分就是力场参数问题，我想请教各位老师，如果当我们没法确定力场参数针对有一个具体体系时，如果使用通用力场如GAFF等，这样获得的模拟数据是否可靠，在投稿时，是否会收到审稿人的质疑？感谢大家！

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2020-8-21 08:12:02

sobereva 发表于 2020-8-20 23:04
取决于你用的通用力场对于你研究的体系是否已被用得比较多、已经有其它文章能证明这种做法合理性
比如GAFF ...

非常感谢您的回复! 目前针对我研究的体系并没有课题组做模拟，不过有类似体系已经发表，他的模拟步骤猜测看出应该是上过gromacs培训课，包括GAFF力场参数设置，RESP电荷拟合等等，有了这些储备才迅速做出结果，所以大胆猜测我们的小分子体系应该也可以用类似方法。除了它计算氢键能得时候用了PME算法，这个不懂其他都比较顺利。氢键能也在想通过您的分子力场或者其他方法解决。

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-20 23:04:32

取决于你用的通用力场对于你研究的体系是否已被用得比较多、已经有其它文章能证明这种做法合理性
比如GAFF描述成键方式普通的有机小分子，一般不会有人说什么，但如果你用GAFF模拟18碳环，大概率就遭质疑了

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2020-8-20 15:48:17

苏玖染发表于 2020-8-20 09:13
一般来说没问题

感谢您的回复!

苏玖染 · 发表于 Post on 2020-8-20 09:13:36

少年爱吃地三鲜发表于 2020-8-20 08:51
感谢您的回复！如果说，我实验得到的结论，为了锦上添花，我加上模拟，然后使用的是通用力场，结果与实 ...

一般来说没问题

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2020-8-20 08:51:29

苏玖染发表于 2020-8-20 08:39
一般审稿人会针对你研究的体系，让你实验验证模拟结果的准确性

感谢您的回复！如果说，我实验得到的结论，为了锦上添花，我加上模拟，然后使用的是通用力场，结果与实验是一致的，这样就可以了是吗?

苏玖染 · 发表于 Post on 2020-8-20 08:39:39

一般审稿人会针对你研究的体系，让你实验验证模拟结果的准确性

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