水-单层油-真空体系该如何构建？

Barry624 · 发表于 Post on 2020-8-22 18:47:20

想实现水-单层油-真空体系
1.尝试构建了8*8*8的盒子，填充了一半体积的水，并放上了64个三油酸甘油酯分子，初始结构如图一

2.经过能量最小化和nvt，在300K下进行了10ns的md，得到的结果如图二和图三

我的问题是：

1.这样的操作步骤是否合理？
2.为什么模拟结果中油分子没有像图四一样，头朝水，尾朝真空，铺成一层，而是混乱排列，每个油分子的三条支链的构象不规则？

希望各位不吝赐教

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-23 21:17:17

侧向不用控压哪行

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[GROMACS] 水-单层油-真空体系该如何构建？