蛋白质加速采样、多尺度模拟、模拟结果分析的教材有哪些？

chuxuezhe

各位老师好，

因为课题需要，需要做非平衡体系的蛋白质的模拟工作。是初学蛋白质模拟，也想着借这个课题，系统了解下相关内容。想请教诸位老师2个问题：

1.请推荐下，蛋白质加速采样和多尺度模拟的参考书，想系统学学。
2.我看到分子模拟（不只是蛋白质）后有各种各样的分析指标，很想知道有没有相关教材，系统讲解各种指标的含义和试用范围？

谢谢

chuxuezhe

明白了，谢谢卢老师。

sobereva

chuxuezhe 发表于 2020-8-28 12:23
谢谢卢老师和各位老师解答。

1.我的课题涉及到高压（＞1GPa）高温（＞100℃）条件下蛋白质空间结构变化 ...

1 直接照常用全原子模拟就完了。Martini局限性很大，必须二级结构不能变化，然而在高温高压下构象很可能存在显著转变。我总是不建议盲目试图用粗粒化，没经验的人用会费力不讨好，瞎折腾半天根本得不到可信的数据

2 分析手段、背景知识、GROMACS相关命令、VMD脚本实现在北京科音分子动力学与GROMACS培训班里都已经讲得很充分了，若还觉得心里没底，多看相关文献里的分析，看多了自然心里就有数了

sobereva

chuxuezhe 发表于 2020-8-30 09:56
非常感谢卢老师解答。针对于后期需要自己写脚本做分子动力学模拟结果分析，是否有必要学习统计力学（非专 ...

完全没必要

chuxuezhe

sobereva 发表于 2020-8-27 20:44
1 “多尺度模拟”不够具体。加速采样这种东西随便一搜，有的是综述文章，Free Energy Calculations-Theory  ...

非常感谢卢老师解答。针对于后期需要自己写脚本做分子动力学模拟结果分析，是否有必要学习统计力学（非专业）？

chuxuezhe

谢谢卢老师和各位老师解答。

1.我的课题涉及到高压（＞1GPa）高温（＞100℃）条件下蛋白质空间结构变化和聚集状态的模拟，之前查了点资料，且参加过卢老师的培训，所以想着使用Gromacs+Martini粗粒化力场来做。因为聚集状态多样且形成的颗粒大小不一，所以才会想到加速采样、多尺度模拟的问题。查了文献，因为是初学，所以看着也不明白，想着请教下，有没有系统讲解相关内容的教材，想好好学学。
2.想要分析下蛋白质外部的氨基酸结构变化与纳米颗粒聚集型态、体系能量变化的关系，估计需要自己写脚本来处理，因为自己并非专业出身，担心自己分析的结果犯低级错误。且这个课题时间还充裕，有足够时间学习。想请教下，有没有系统讲解动力学结果分析的参考书（想要分析体系能量，蛋白质不同二级结构距离与两者相互作用能关系，蛋白质活性位点的SASA与聚集状态、二级结构变化的关系，等类似的分析，但是不知道自己分析的结果是否正确，有没有参考书能提供这方面的指导？）。

问题比较长，谢谢各位老师。

sobereva

1 “多尺度模拟”不够具体。加速采样这种东西随便一搜，有的是综述文章，Free Energy Calculations-Theory and Applications in Chemistry and Biology(Chipot)书里有的内容可能是你感兴趣的。

2 在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里非常详细讲蛋白质模拟细节和分析。自学的话，看看Molecular Modeling and simulation-An Interdisciplinary Guide(Tamar Schlick,2000)和Molecular modelling Principles and applications(2ed,Leach A.R.,2001)有好处。

k64_cc

fhh2626 发表于 2020-8-27 13:07
你直接报班学得了

现在的班还教多尺度模拟嘛……真厉害

fhh2626

你直接报班学得了