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[粗粒化/DPD] 求助:粗粒化研究金颗粒和膜的相互作用

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楼主
最近想开展金颗粒和细胞膜的相互作用的模拟。想用粗粒化来做(虽然感觉DPD用的更多 -.- )。 网上找了一圈没找到如何构建金颗粒,请问有相关的教程吗?

谢谢

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发表于 Post on 2020-8-29 00:42:53 | 只看该作者 Only view this author
zxmxyh 发表于 2020-8-28 08:50
感谢~,看了一遍您的分享,还是挺有意思,不过我需要做一个大尺度,长时间的模拟,所以AA模型不能用了。 ...

以现在的计算能力,再加上GPU加速,大尺度AA模拟不是什么问题。用超级计算机有人甚至对一亿原子体系跑了10ns的AA动力学

用那些局限性很大的近似模型往往费半天劲也没得到可靠结果,还被人质疑,最后后悔当初还不如直接用AA跑
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-28 08:50:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-27 20:18
为什么要用粗粒化?直接全原子描述金就完了。非要用粗粒化很可能得不偿失,折腾半天结果还不理想、还被审稿 ...

感谢~,看了一遍您的分享,还是挺有意思,不过我需要做一个大尺度,长时间的模拟,所以AA模型不能用了。其实DPD可能更合适,但是不熟悉那个。

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发表于 Post on 2020-8-27 20:18:44 | 只看该作者 Only view this author
为什么要用粗粒化?直接全原子描述金就完了。非要用粗粒化很可能得不偿失,折腾半天结果还不理想、还被审稿人质疑

GROMACS等程序里能用的金的力场很多,诸如
在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程(含视频)
http://sobereva.com/153
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