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[CP2K] CP2K-7.1编译出错:vdwxc_init_mpi - not found

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大家好,最近在编译cp2k-7.1遇到一些问题,希望得到大家帮助!

我是根据刘老师 https://www.bilibili.com/video/BV1Y54y1e7Yx 的视频一步一步来编译的,系统是Centos8 (Linux version 4.18.0-193.14.2.el8_2.x86_64 (mockbuild@kbuilder.bsys.centos.org) (gcc version 8.3.1 20191121 (Red Hat 8.3.1-5) (GCC)))。gcc,g++, gfortran版本都是官网推荐的8.3.1。利用install_cp2k_toolchain.sh这个脚本来编译:


./install_cp2k_toolchain.sh \

--math-mode=mkl \

--with-openmpi=install \

--with-scalapack=no

但是到了安装SIRIUS的时候报错:
==================== Installing SIRIUS ====================
sirius_6.4.1.tar.gz is found

Installing from scratch into /opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/sirius-6.4.1

ERROR: (./scripts/install_sirius.sh, line 130) Non-zero exit code detected.

...
*.log等重要输出文件已经上传,看起来好像是找不到vdwxc_init_mpi的问题,不知道怎么解决。

这是compile.log的最后一部分:
...
-- Checking for one of the modules 'elpa;elpa_openmp'
-- Found Elpa: /opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/elpa-2019.05.001/lib/libelpa.a  
-- Checking for one of the modules 'libvdwxc>=0.3.0'
-- Looking for vdwxc_init_mpi
-- Looking for vdwxc_init_mpi - not found
CMake Error at /opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/cmake-3.15.1/share/cmake-3.15/Modules/FindPackageHandleStandardArgs.cmake:137 (message):
  Could NOT find LibVDWXC (missing: LIBVDWXC_LIBRARIES) (Required is at least
  version "0.3.0")
Call Stack (most recent call first):
  /opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/cmake-3.15.1/share/cmake-3.15/Modules/FindPackageHandleStandardArgs.cmake:378 (_FPHSA_FAILURE_MESSAGE)
  cmake/modules/FindLibVDWXC.cmake:35 (find_package_handle_standard_args)
  CMakeLists.txt:198 (find_package)
...

这是CMakeError.log的最后输出:
...
Linking C executable cmTC_1450c
/opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/cmake-3.15.1/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/cmTC_1450c.dir/link.txt --verbose=1
/opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/openmpi-4.0.1/bin/mpicc -O2 -ftree-vectorize -g -fno-omit-frame-pointer -march=native -m64     CMakeFiles/cmTC_1450c.dir/CheckSymbolExists.c.o  -o cmTC_1450c
CMakeFiles/cmTC_1450c.dir/CheckSymbolExists.c.o: In function `main':
/opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/build/SIRIUS-6.4.1/build/CMakeFiles/CMakeTmp/CheckSymbolExists.c:8: undefined reference to `vdwxc_init_mpi'
collect2: error: ld returned 1 exit status
gmake[1]: *** [CMakeFiles/cmTC_1450c.dir/build.make:87: cmTC_1450c] Error 1
gmake[1]: Leaving directory '/opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/build/SIRIUS-6.4.1/build/CMakeFiles/CMakeTmp'
gmake: *** [Makefile:121: cmTC_1450c/fast] Error 2

File /opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/build/SIRIUS-6.4.1/build/CMakeFiles/CMakeTmp/CheckSymbolExists.c:
/* */
#include </opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/libvdwxc-0.4.0/include/vdwxc_mpi.h>

int main(int argc, char** argv)
{
  (void)argv;
#ifndef vdwxc_init_mpi
  return ((int*)(&vdwxc_init_mpi))[argc];
#else
  (void)argc;
  return 0;
#endif
}

本人新手,如果还需要提供什么资料请告知~谢谢大家了!












CMakeCache.txt

39.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

CMakeOutput.log

270.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

CMakeError.log

1.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

compile.log

3.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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发表于 Post on 2021-4-21 19:16:25 | 只看该作者 Only view this author
haibeih 发表于 2020-9-14 08:24
问题已解决,编译器版本的问题~大家一定要按照推荐版本编译,祝好!

MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 1.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
想问下,怎么解决的,这个问题,谢谢

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发表于 Post on 2020-12-20 21:33:47 | 只看该作者 Only view this author
leeru 发表于 2020-12-19 19:55
我个人感觉,cp2k 编译sirius进行纯平面波计算没啥优势,直接用qe不香吗?如果不好好利用高斯平面波的特点, ...

高斯方法,学习难度有点大。

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发表于 Post on 2020-12-19 19:55:58 | 只看该作者 Only view this author
我个人感觉,cp2k 编译sirius进行纯平面波计算没啥优势,直接用qe不香吗?如果不好好利用高斯平面波的特点,用cp2k就是多此一举。

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发表于 Post on 2020-12-18 21:25:10 | 只看该作者 Only view this author
Siling_S 发表于 2020-12-16 10:50
后来参考了b站的一个回复只编译了popt就成功了,再单独编译psmp还是不成,一样的报错,可能是某个前置文 ...

实在是没法的话,就用gcc和gnu用默认数学库编译,能满足早期学习需求,足够了。

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发表于 Post on 2020-12-16 10:50:08 | 只看该作者 Only view this author
gog 发表于 2020-12-11 17:33
cmake自己编译,报错的可能性很高。直接下载官网3.18版本的二进制可执行版本,设置好路径就成了。3.18.4 ...

后来参考了b站的一个回复只编译了popt就成功了,再单独编译psmp还是不成,一样的报错,可能是某个前置文件的问题,linux了解的很浅找不到问题,只能先用popt练练了,感谢楼主交流~

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发表于 Post on 2020-12-11 17:33:36 | 只看该作者 Only view this author
Siling_S 发表于 2020-11-29 15:33
在编译的时候,cmake一直会有error.log文件,然后sirius编译应该是需要依赖cmake,也会有error.log文件, ...

cmake自己编译,报错的可能性很高。直接下载官网3.18版本的二进制可执行版本,设置好路径就成了。3.18.4最好,测试全部通过,3.18.5,几千个测试算例,有四五个报错。

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发表于 Post on 2020-12-11 17:29:25 | 只看该作者 Only view this author
美式加糖 发表于 2020-9-17 16:15
你好。我这里的报错是在最后cp2k编译阶段,我设置了mkl2015版,但是最后不知为何会去调用atlas-math。atl ...

centos 7默认版本python 2.7.* 安装好就可以。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-30 08:53:05 | 只看该作者 Only view this author
另外,也可能和系统版本有关系,我用centos7就一遍过,test run一个问题都没有~但是centos8就会有不少问题(比如我就是编译不过sirius,所以就没装它)。估计Ubuntu系统也会有类似问题。

所以系统和编译器版本等的兼容性是cp2k编译的最大问题,编译流程跟着教程学就好,没什么问题。

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发表于 Post on 2020-11-29 15:33:40 | 只看该作者 Only view this author
haibeih 发表于 2020-11-29 09:20
你可以试试,但是如果报错的话,记得有可能是编译器的错误~

在编译的时候,cmake一直会有error.log文件,然后sirius编译应该是需要依赖cmake,也会有error.log文件,最终CP2K的编译会报错,原因可能是sirius编译有问题,我换一下gcc试试吧~多谢指点

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-29 09:20:06 | 只看该作者 Only view this author
Siling_S 发表于 2020-11-28 19:20
我编译的时候用的是9.3.1,这个版本可以吗?主要是不太清楚官网指的9.3是否包括9.3.1.。。

你可以试试,但是如果报错的话,记得有可能是编译器的错误~

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发表于 Post on 2020-11-28 19:20:21 | 只看该作者 Only view this author
haibeih 发表于 2020-9-15 11:02
官网推荐的9.3~另外也建议用Centos7吧,Centos8目前编译出来还是有些错误

我编译的时候用的是9.3.1,这个版本可以吗?主要是不太清楚官网指的9.3是否包括9.3.1.。。

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发表于 Post on 2020-11-18 21:31:36 | 只看该作者 Only view this author
gog 发表于 2020-11-16 21:40
不建议在root用户下安装。自行编译好openmpi和cmake,普通用户权限下toolchain安装

好的,我明天试下,感谢您了

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发表于 Post on 2020-11-16 21:40:02 | 只看该作者 Only view this author
bblovelp 发表于 2020-11-15 19:26
您好 我参考https://www.bilibili.com/read/cv7375723  CP2K也编译好了 ,第一次运行也成功了,重启后再 ...

不建议在root用户下安装。自行编译好openmpi和cmake,普通用户权限下toolchain安装

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发表于 Post on 2020-11-15 19:26:41 | 只看该作者 Only view this author
nicheal 发表于 2020-9-5 19:56
如果所有的测试都失败,通常不是cp2k的问题,你看看是不是在root下面运行的啊,如果是,openmpi在root下运 ...

您好 我参考https://www.bilibili.com/read/cv7375723  CP2K也编译好了 ,第一次运行也成功了,重启后再次测试就出现所有测试全部失败,请问下您遇到过这种情况吗?

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发表于 Post on 2020-11-13 20:43:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 gog 于 2020-11-15 09:11 编辑
flwboka 发表于 2020-11-13 09:39
似乎conda里面已经有7.1版的cp2k了   https://anaconda.org/conda-forge/cp2k

是用gnu+openblas+scalapcak编译的。centos 7上默认安装6.1。据此推,centos 8上,该是7.1版本。
喜欢用mkl的,咋办?

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