求助 请问gromacs top的[atoms]里哪些是必须项？

lqhenwunai

大家好，请问一下在gromacs的top文件里的[atoms]里，哪些是必须的？

我在尝试修改添加力场，其中在修改[atoms]部分时，一个测试是如下所示：


[ atoms ]
;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge    mass
     1   OD2C1D      1    LIG           O        1               0     15.5994
     2   CD2O1D      1    LIG           C        1               0     11.611
     3   OD305A      1    LIG           O        1               0     15.5994


另一个测试是删除其中的residue那一列。我原本以为删除residue那列后，会报错，结果在grompp时竟然没有报错。

所以请问一下哪些项是必须的？

从代码看，
    /* Fixed parameters */
    if (sscanf(line, "%s%s%s%s%s%d",
               id, ctype, resnumberic, resname, name, &cgnumber) != 6)
    {
        too_few(wi);
        return;
    }
    sscanf(id, "%d", &atomnr);
    if ((type  = get_atomtype_type(ctype, atype)) == NOTSET)
    {
        gmx_fatal(FARGS, "Atomtype %s not found", ctype);
    }
    ptype = get_atomtype_ptype(type, atype);

    /* Set default from type */
    q0    = get_atomtype_qA(type, atype);
    m0    = get_atomtype_massA(type, atype);
    typeB = type;
    qB    = q0;
    mB    = m0;


似乎这几项是必须的：id , ctype, resnumberic, resname, name, &cgnumber。如果这样的话，那ctype指的是OD2C1D这样的原子类型么？

另外感觉很困惑的是，怎么知道哪一列属于哪个类别呢？比如如果包括residue那一列，那第6列读入的就是charge group number。但如果不包括residue那一列，那读第6列就是charge那一列。这样的话在赋值的时候就有歧义了。我相信在其它地方肯定有验证，但是想不出是怎么验证的。

sobereva

就照标准格式写就完了，[atoms]字段在手册里都有说明，探究当前这个问题没什么意义。实在不放心的话可以gmx dump把最终得到的tpr里的信息打印出来看