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[GROMACS] ATB提交文件出现Possible missing hydrogens or incomplete valence求助

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请问大家Automated topology builder(ATB)中提交文件出现warning!Possible missing hydrogens or incomplete valence
lf any hydrogens are missing the quantum mechanical calculations and the resulting force field will be incorrect.Even if you intend to generate a united-atom topology,you still must.All atoms are present.The number of hydrogens is low compared with an average molecule.
我的氢键已经加了,但还是有问题,可能是不完整的价态。这个该怎么解决呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-10 09:41:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-10 04:00
pdb倒是没什么异常。通过SMILES字符串方式提交,如果还不行,可能ATB服务器有bug,发邮件问管理员

好的,非常感谢Sobereva老师

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发表于 Post on 2020-9-10 04:00:01 | 只看该作者 Only view this author
琦锅锅 发表于 2020-9-9 09:16
我有几个化合物上传都出现了这种问题,我把文件上传了。

pdb倒是没什么异常。通过SMILES字符串方式提交,如果还不行,可能ATB服务器有bug,发邮件问管理员
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-9 09:16:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-9 06:39
直接上传文件,别贴文件内容

我有几个化合物上传都出现了这种问题,我把文件上传了。

Licodione.pdb

3.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

5,7,2\\',3\\'-Tetrahydroxyflavone.pdb

4.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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发表于 Post on 2020-9-9 06:39:56 | 只看该作者 Only view this author
琦锅锅 发表于 2020-9-8 22:08
可以帮我看看么?我不知道到底是哪里有错误,导致它总是提示Possible missing hydrogens or incomplete v ...

直接上传文件,别贴文件内容
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-8 22:08:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-8 08:29
“氢键已经加了”描述完全不当。氢键根本不体现在结构文件里,只能说加没加氢
说不清楚就把文件直接上传在 ...

可以帮我看看么?我不知道到底是哪里有错误,导致它总是提示Possible missing hydrogens or incomplete valence
COMPND    UNNAMED
AUTHOR    GENERATED BY OPEN BABEL 2.3.90
HETATM    1  O   UNL     1       6.949  21.590  22.300  1.00  0.00           O  
HETATM    2  C   UNL     1       6.790  20.445  23.061  1.00  0.00           C  
HETATM    3  C   UNL     1       7.906  19.794  23.658  1.00  0.00           C  
HETATM    4  C   UNL     1       9.155  20.409  23.478  1.00  0.00           C  
HETATM    5  O   UNL     1      10.190  19.890  23.881  1.00  0.00           O  
HETATM    6  C   UNL     1       9.260  21.602  22.833  1.00  0.00           C  
HETATM    7  H   UNL     1      10.155  22.036  22.757  1.00  0.00           H  
HETATM    8  C   UNL     1       8.171  22.186  22.276  1.00  0.00           C  
HETATM    9  C   UNL     1       8.277  23.398  21.601  1.00  0.00           C  
HETATM   10  C   UNL     1       7.864  23.521  20.250  1.00  0.00           C  
HETATM   11  O   UNL     1       7.314  22.474  19.597  1.00  0.00           O  
HETATM   12  H   UNL     1       8.020  22.181  18.991  1.00  0.00           H  
HETATM   13  C   UNL     1       8.073  24.725  19.539  1.00  0.00           C  
HETATM   14  O   UNL     1       7.806  24.823  18.213  1.00  0.00           O  
HETATM   15  H   UNL     1       8.116  23.978  17.815  1.00  0.00           H  
HETATM   16  C   UNL     1       8.593  25.849  20.207  1.00  0.00           C  
HETATM   17  H   UNL     1       8.708  26.733  19.709  1.00  0.00           H  
HETATM   18  C   UNL     1       8.966  25.751  21.559  1.00  0.00           C  
HETATM   19  H   UNL     1       9.339  26.567  22.045  1.00  0.00           H  
HETATM   20  C   UNL     1       8.832  24.531  22.243  1.00  0.00           C  
HETATM   21  H   UNL     1       9.121  24.479  23.224  1.00  0.00           H  
HETATM   22  C   UNL     1       7.691  18.599  24.396  1.00  0.00           C  
HETATM   23  O   UNL     1       8.689  17.899  24.993  1.00  0.00           O  
HETATM   24  H   UNL     1       9.414  17.863  24.337  1.00  0.00           H  
HETATM   25  C   UNL     1       6.388  18.094  24.551  1.00  0.00           C  
HETATM   26  H   UNL     1       6.239  17.236  25.092  1.00  0.00           H  
HETATM   27  C   UNL     1       5.288  18.755  23.979  1.00  0.00           C  
HETATM   28  O   UNL     1       4.054  18.235  24.181  1.00  0.00           O  
HETATM   29  H   UNL     1       3.413  18.932  23.940  1.00  0.00           H  
HETATM   30  C   UNL     1       5.492  19.925  23.224  1.00  0.00           C  
HETATM   31  H   UNL     1       4.691  20.400  22.796  1.00  0.00           H  
CONECT    1    2    8                                                
CONECT    2    1    3   30                                            
CONECT    3    2    4   22                                            
CONECT    4    3    5    6                                            
CONECT    5    4                                                      
CONECT    6    4    7    8                                            
CONECT    7    6                                                      
CONECT    8    1    6    9                                            
CONECT    9    8   10   20                                            
CONECT   10    9   11   13                                            
CONECT   11   10   12                                                
CONECT   12   11                                                      
CONECT   13   10   14   16                                            
CONECT   14   13   15                                                
CONECT   15   14                                                      
CONECT   16   13   17   18                                            
CONECT   17   16                                                      
CONECT   18   16   19   20                                            
CONECT   19   18                                                      
CONECT   20    9   18   21                                            
CONECT   21   20                                                      
CONECT   22    3   23   25                                            
CONECT   23   22   24                                                
CONECT   24   23                                                      
CONECT   25   22   26   27                                            
CONECT   26   25                                                      
CONECT   27   25   28   30                                            
CONECT   28   27   29                                                
CONECT   29   28                                                      
CONECT   30    2   27   31                                            
CONECT   31   30                                                      
MASTER        0    0    0    0    0    0    0    0   31    0   31    0
END

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-8 22:07:48 | 只看该作者 Only view this author
好的,sobereva老师,谢谢

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发表于 Post on 2020-9-8 08:29:09 | 只看该作者 Only view this author
“氢键已经加了”描述完全不当。氢键根本不体现在结构文件里,只能说加没加氢
说不清楚就把文件直接上传在这里,别人一看便知
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发表于 Post on 2020-9-8 08:27:53 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“Automated topology builder(ATB)”改了,以后务必注意
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