求助 请问gromacs里有什么技巧可以减小fluctuation？

lqhenwunai

比如我算偶极矩，578个分子298K下跑了5ns，在计算介电常数的时候，flucutation太大了，都快接近central value了。请问怎么减少fluctuation呢？谢谢。


另外想请问一下，下面的输出中写到：
Start fit at 100.000000 ps (100.000000).
End fit at 400.000000 ps (400.000000).
这个是fit什么呢？


我的输入命令为：gmx current -f nvt.trr -s nvt.tpr -temp 298 -o nvt-out.xvg



Fluctuations:
epsilon=92.388176


deltaM_D , deltaM_J, deltaM_JD:  (24.957235, -0.000000, -0.000000)

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Average volume V=64.144249 nm^3 at T=298.000000 K
and corresponding refactor 1.0 / 3.0*V*k_B*T*EPSILON_0: 3.661791

Start fit at 100.000000 ps (100.000000).
End fit at 400.000000 ps (400.000000).

Einstein-Helfand fit to the MSD of the translational dipole moment yields:

sigma=0.0000
translational fraction of M^2: 0.0000
Dielectric constant using EH: 96.6047

k64_cc

你就算跑个flexible water，介电常数也得~10 ns才能看出来明显收敛。分子更大的话收敛更难。