求助：用amber力场生产拓扑时两端残基如何保持中性

ripple

我做蛋白的MD，用pdb2gmx生成拓扑文件时，选择amber力场，两端的残基默认离子化了，看GROMACS手册的程序文档上说：AMBER力场对于蛋白质两端的残基有着自己的独特形式, 与-ter选项不兼容. 如果要使用AMBER力场, 你需要在N或C端残基对应的名称前分别加上N或C, 并保证坐标文件的格式相同. 作为替代方法, 你也可以使用专门的末端残基的名称(如ACE, NME).我的N端残基是Met，C端Glu。手册上说的两种方法具体是怎么改，改哪，输入的PDB文件吗？
附图PDB截图

sobereva

ripple 发表于 2020-9-11 16:51
谢谢老师您的解答，但rtp文件中须手动加上的中性残基类型的这些数据怎么得到？
[ NMET ]
[ atoms ]

在理解rtp字段格式的前提下，将原先的碳端或氮端的残基字段复制一份新的，改个自己想要的对应中性端基的名字，直接在原有基础修改（atoms里加氢，bonds里加上成键项）。原子电荷需要自己重新计算，可以用Multiwfn计算RESP电荷，此文里有拟合氨基酸原子电荷的例子
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

如果你不希望原有的大部分原子电荷发生变化，只想拟合氨基、羧基部分的电荷，可以在Multiwfn拟合RESP电荷时设置电荷约束，让其它原子的电荷保持和rtp里原先记录的电荷相同。

ripple

sobereva 发表于 2020-9-11 08:25
没法直接实现
你必须自行在rtp文件里手动加上对应于中性端基的残基类型，并且修改aminoacids.r2b，此文件 ...

谢谢老师您的解答，但rtp文件中须手动加上的中性残基类型的这些数据怎么得到？
[ NMET ]
[ atoms ]
     N    N3           0.15920     1
    H1    H            0.19840     2
    H2    H            0.19840     3
    H3    H            0.19840     4
    CA    CX           0.02210     5
    HA    HP           0.11160     6
    CB    2C           0.08650     7
   HB1    HC           0.01250     8
   HB2    HC           0.01250     9
    CG    2C           0.03340    10
   HG1    H1           0.02920    11
   HG2    H1           0.02920    12
    SD    S           -0.27740    13
    CE    CT          -0.03410    14
   HE1    H1           0.05970    15
   HE2    H1           0.05970    16
   HE3    H1           0.05970    17
     C    C            0.61230    18
     O    O           -0.57130    19
[ bonds ]
     N    H1
     N    H2
     N    H3
     N    CA
    CA    HA
    CA    CB
    CA     C
    CB   HB1
    CB   HB2
    CB    CG
    CG   HG1
    CG   HG2
    CG    SD
    SD    CE
    CE   HE1
    CE   HE2
    CE   HE3
     C     O
     C    +N
[ impropers ]
    CA    +N     C     O

[ CGLU ]
[ atoms ]
     N    N           -0.51920     1
     H    H            0.30550     2
    CA    CX          -0.20590     3
    HA    H1           0.13990     4
    CB    2C           0.00710     5
   HB1    HC          -0.00780     6
   HB2    HC          -0.00780     7
    CG    2C           0.06750     8
   HG1    HC          -0.05480     9
   HG2    HC          -0.05480    10
    CD    CO           0.81830    11
   OE1    O2          -0.82200    12
   OE2    O2          -0.82200    13
     C    C            0.74200    14
   OC1    O2          -0.79300    15
   OC2    O2          -0.79300    16
[ bonds ]
     N     H
     N    CA
    CA    HA
    CA    CB
    CA     C
    CB   HB1
    CB   HB2
    CB    CG
    CG   HG1
    CG   HG2
    CG    CD
    CD   OE1
    CD   OE2
     C   OC1
     C   OC2
    -C     N
[ impropers ]
    -C    CA     N     H   
    CA   OC1     C   OC2   
    CG   OE1    CD   OE2   
                        

sobereva

没法直接实现
你必须自行在rtp文件里手动加上对应于中性端基的残基类型，并且修改aminoacids.r2b，此文件会把残基根据处在中央、氮端、碳端的情况赋予相应的残基名，要让处在末端时残基名被转化为你新补充的对应中性情况的残基名才行