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[GROMACS] 关于金属蛋白力场选择及参数设置问题的求助

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我之前使用Gromacs做金属蛋白动力学模拟时,选择的力场是Gromos54a7,出现了如图所示的问题。有人建议我使用Amber力场,但也会出现“Residue ZN165 has type 'Ion', assuming it is not linked into a chain”的问题,我的金属Zn主要位于活性位点区域,有文献说对它进行距离限制,添加参数防止金属飞出活性区域。请问这该如何添加参数,对它进行限制,看了好多帖子,好迷茫。

JS){SSC$J32KWZQ`5S[)KO9.png (29.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-14 09:21:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-14 06:37
如果pdb2gmx成功产生了该有的文件,就不用管这个提示

远程这种事情说起来半天也说不清楚。

好的,我明白了,非常感谢sob老师耐心解答

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发表于 Post on 2020-9-14 06:37:56 | 只看该作者 Only view this author
琦锅锅 发表于 2020-9-13 21:09
sob老师。请问一下图中出现的“Residue Zn165 has type ‘Ion’,assuming it is not linked into a chai ...

如果pdb2gmx成功产生了该有的文件,就不用管这个提示

远程这种事情说起来半天也说不清楚。
在我来看最优雅的处理这种不涉及化学键的金属离子方式,是在pdb里先把离子都删掉,用pdb2gmx产生蛋白的拓扑文件和gro文件后,自行再把离子的信息复制到蛋白的gro后头,并且在[moleculetype]里以恰当顺序写上相应的离子数目。这相当于把离子当成了普通配体分子看待,而离子的[moleculetype]在ions.itp里本身就有。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-13 21:09:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-12 05:01
明显列都错位了
pdb文件是固定格式

sob老师。请问一下图中出现的“Residue Zn165 has type ‘Ion’,assuming it is not linked into a chain”,一般应该如何处理?提示中说可能需要修改residuetypes.dat,第二幅图是residuetypes.dat后面关于一些离子的截图,我不知道该怎么修改。还是说直接可以忽略这些提示,直接往下面做?

FOOP)@ZAJAIPI$G@2SA9T(H.png (17.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

FOOP)@ZAJAIPI$G@2SA9T(H.png

A`S_TLJZOKY(KT6{QI@63(L.png (39.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-12 22:39:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-12 05:01
明显列都错位了
pdb文件是固定格式

嗯额,好的,我重新弄一下试试,谢谢

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发表于 Post on 2020-9-12 05:01:01 | 只看该作者 Only view this author
琦锅锅 发表于 2020-9-11 11:17
sob老师,我直接在pdb文件中将Zn+改成这样,然后重新生成top文件会出现这样的warning,是我没改对,还是 ...

明显列都错位了
pdb文件是固定格式
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-11 11:19:38 | 只看该作者 Only view this author
琦锅锅 发表于 2020-9-11 11:17
sob老师,我直接在pdb文件中将Zn+改成这样,然后重新生成top文件会出现这样的warning,是我没改对,还是 ...

如果我直接用Discoverystudio生成的pdb文件,里面有价态,也不能生成拓扑。不知道应该改哪个位置才行

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-11 11:17:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-11 08:05
gmx的54A7的rtp里Zn是ZN2+,因此你得把pdb里Zn的残基名也改成ZN2+才能被pdb2gmx识别
如果模拟过程中,Zn光 ...

sob老师,我直接在pdb文件中将Zn+改成这样,然后重新生成top文件会出现这样的warning,是我没改对,还是需要我再加距离限制将它们固定在相应的位置。这个距离设置是要参考Gromacs的Distance Restraints系列么?

0EO$R9KX343)`NSSY]WO6FK.png (17.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 46)

pdb文件参数

pdb文件参数

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发表于 Post on 2020-9-11 08:05:33 | 只看该作者 Only view this author
gmx的54A7的rtp里Zn是ZN2+,因此你得把pdb里Zn的残基名也改成ZN2+才能被pdb2gmx识别
如果模拟过程中,Zn光靠静电作用没法稳定呆住,需要再去加距离限制之类的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-10 22:18:17 | 只看该作者 Only view this author
这个是金属酶的pdb结构,我不知道生成拓扑文件时需要怎样添加参数才能识别金属,防止它后期做动力学的时候不会跑飞,求大神们解答,谢谢了

13_clean.pdb

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