单金属富勒烯寻找最稳定结构方法求助

小萌新 · 发表于 Post on 2020-9-18 14:55:10

目标：我想在一个非经典富勒烯笼的中空笼内，嵌入一个金属原子，寻求其整个体系的最稳定结构。1. 我开始的时候考虑了把金属原子分别放在了碳笼中部和七元环下方，opt+freq计算结束后，结构都收敛了而且没有虚频。但是最后得到的两种结构中，金属原子的位置不同，能量相差大概20KJ/mol。
2. 之后我试着把金属原子放在其他位置，优化精度也很高，最后结构都收敛了而且都没虚频。但是优化结构的金属原子位置都各不相同，能量相差也挺大。
3. 我始终得不到内嵌原子在什么位置，整个体系的能量最低，所以希望大家可以教教我如何才能得到最稳定的结构，谢谢！

小萌新 · 发表于 Post on 2020-9-20 20:09:38

sobereva 发表于 2020-9-18 22:57
最好的做法是用genmer结合molclus，其中genmer可以随机产生一大批富勒烯与金属的结合结构，之后molclus可以 ...

好的，感谢Sob老师的解答！

Geyer · 发表于 Post on 2020-9-19 01:24:18

你这个具体是什么体系啊，碳笼和金属原子分别都是啥
以及之前初猜结构的具体位置是怎么确定的？随机点几个位置吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-18 22:57:05

最好的做法是用genmer结合molclus，其中genmer可以随机产生一大批富勒烯与金属的结合结构，之后molclus可以结合量子化学程序批量优化、算高精度单点、筛选结构，只要做法得当100%确保能找到能量最低结构

详见molclus主页http://www.keinsci.com/research/molclus.html

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-9-18 17:08:54

小萌新发表于 2020-9-18 16:49
您好，感谢您的解答。
1. 请问如何确定结构的对称轴呢，有什么软件或者方法呢？我在网上没有找到。
2. ...

1. 根据结构，可以用GV里面的对称化工具
2. 是

小萌新 · 发表于 Post on 2020-9-18 16:49:36

喵星大佬发表于 2020-9-18 15:27
不用多高的精度，甚至不用结构优化，找几条对称轴，然后在分别轴上做个刚性扫描，大概就知道有几类极小点了 ...

您好，感谢您的解答。
1. 请问如何确定结构的对称轴呢，有什么软件或者方法呢？我在网上没有找到。
2. 确定了对称轴，是不是要让金属原子从对称轴的中点出发，向两端做刚性扫描呢？谢谢！

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-9-18 15:27:12

不用多高的精度，甚至不用结构优化，找几条对称轴，然后在分别轴上做个刚性扫描，大概就知道有几类极小点了，然后分别去优化比较一下就行了

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